arefks 748f48e806 changed the flip in the anat step of the registration, changed it back to before		2 місяців тому
..
.ipynb_checkpoints	e8e54e0207 current state: code is finished for representation	5 місяців тому
AIDAmri @ 8e7f9d3597	13cb663094 added all of the code necessery	4 місяців тому
mouse_connectivity	e8e54e0207 current state: code is finished for representation	5 місяців тому
Big_data_mouse_practical_2020_answer.ipynb	e8e54e0207 current state: code is finished for representation	5 місяців тому
GetQuantitativeValues.py	a6c636f3fb intermideiat step	3 місяців тому
README.md	13cb663094 added all of the code necessery	4 місяців тому
correlation_between_bahavior_and_DTI.py	132437cf05 final results	2 місяців тому
correlation_between_bahavior_and_DTI_anovaSpecific.py	132437cf05 final results	2 місяців тому
heat_maps_correlation.py	164f8d841f intermidiate step	2 місяців тому
incooparate_behavior_data.py	132437cf05 final results	2 місяців тому
mask2MTPL.py	13cb663094 added all of the code necessery	4 місяців тому
overlayPlot.py	86fce3a119 current state: code is finished for representation	5 місяців тому
plotting_quantitative_dti_values.py	132437cf05 final results	2 місяців тому
proof_of_modalities.py	9bcdec0ea4 added overlap percentage csv	3 місяців тому
register_masks.py	748f48e806 changed the flip in the anat step of the registration, changed it back to before	2 місяців тому
remapping_voiting_qc.py	18752865ca changed voitign with script to have additional columns	2 місяців тому
statsmodel_training.py	63701b1cca code ready for: mixed model analysis and the post hoc tests nad figures with their relevant outputs. also code and results ready for heatmaps of the behavioral and dwi values correlations	2 місяців тому
transpose_csv.py	63701b1cca code ready for: mixed model analysis and the post hoc tests nad figures with their relevant outputs. also code and results ready for heatmaps of the behavioral and dwi values correlations	2 місяців тому
viralTracing2MTPL.py	2e82796756 added viraltracin 2 mtpl space filp function	4 місяців тому

AIDAmri code

This is the code used to process raw Bruker data and to apply transformations from the drawn masks to each individual subject. Note that this is a subdataset linked to the GitHub page of AIDAmri.

The link to the exact branch of the code which was used for this process is: AIDAmri - SND_Mask_trafu branch.

Example usage of code

root@9c22c56092e5:/aida/DATA/code# python mask2MTPL.py -i /aida/DATA/output/Tract_Density -o /aida/DATA/output/Nifti_Tract_density_registered

README.md

AIDAmri code

Example usage of code