We use cookies to ensure you get the best experience on our website
Головна сторінка Огляд Довідка News
Реєстрація Увійти

Scheduled service maintenance on November 22

On Friday, November 22, 2024, between 06:00 CET and 18:00 CET, GIN services will undergo planned maintenance. Extended service interruptions should be expected. We will try to keep downtimes to a minimum, but recommend that users avoid critical tasks, large data uploads, or DOI requests during this time.

We apologize for any inconvenience.

BrainGlobe
/
atlases
6
1
Відгалуження 2
Файли Проблеми 0 Запити на злиття 0 Wiki

Без опису

Гілка: master
Гілки Теги
atlases
Adam Tyson 07fe831f37 Fix typo in atlas list 2 днів тому
LICENSE bbbe2705e7 Initial commit 4 роки тому
README.md 07fe831f37 Fix typo in atlas list 2 днів тому
admba_3d_e11_5_mouse_16um_v1.0.tar.gz d9af48825c Add ADMBA 2 роки тому
admba_3d_e11_5_mouse_16um_v1.1.tar.gz 133dad92bf updating admba atlases (e11-18) 3 місяців тому
admba_3d_e13_5_mouse_16um_v1.0.tar.gz 4caf80d87d Add ADMBA 2 роки тому
admba_3d_e13_5_mouse_16um_v1.1.tar.gz 133dad92bf updating admba atlases (e11-18) 3 місяців тому
admba_3d_e15_5_mouse_16um_v1.0.tar.gz ea09e0b215 Add ADMBA 2 роки тому
admba_3d_e15_5_mouse_16um_v1.1.tar.gz 133dad92bf updating admba atlases (e11-18) 3 місяців тому
admba_3d_e18_5_mouse_16um_v1.0.tar.gz a0afe3a538 Add ADMBA 2 роки тому
admba_3d_e18_5_mouse_16um_v1.1.tar.gz 133dad92bf updating admba atlases (e11-18) 3 місяців тому
admba_3d_p14_mouse_16.752um_v1.0.tar.gz b43a8fb872 Add ADMBA 2 роки тому
admba_3d_p14_mouse_16.752um_v1.1.tar.gz fd59b6c969 updating admba atlases (p4-28) 3 місяців тому
admba_3d_p28_mouse_16.752um_v1.0.tar.gz bfe2f0afae Add ADMBA 2 роки тому
admba_3d_p28_mouse_16.752um_v1.1.tar.gz fd59b6c969 updating admba atlases (p4-28) 3 місяців тому
admba_3d_p4_mouse_16.752um_v1.0.tar.gz 3c0b8bffc6 Add ADMBA 2 роки тому
admba_3d_p4_mouse_16.752um_v1.1.tar.gz fd59b6c969 updating admba atlases (p4-28) 3 місяців тому
admba_3d_p56_mouse_25um_v1.0.tar.gz 4d17a19c23 Add ADMBA 2 роки тому
admba_3d_p56_mouse_25um_v1.1.tar.gz 4a38e065b8 updating admba p56 atlas 3 місяців тому
allen_cord_20um_v1.0.tar.gz b0631317b5 Add cord atlas data 3 роки тому
allen_cord_20um_v1.1.tar.gz 582f5b55e6 Add version 1.1 of the allen cord atlas 4 місяців тому
allen_human_500um_v0.1.tar.gz 60658860f7 Upload files to '' 4 роки тому
allen_human_500um_v1.0.tar.gz 089524214a human atlas 1.0 6 місяців тому
allen_mouse_100um_v1.0.tar.gz 79cb1c496d Updated: /Users/luigipetrucco/bg_auto/tempdir/mpin_zfish_1um_v1.0.tar.gz.name, /Users/luigipetrucco/bg_auto/tempdir/allen_mouse_100um_v1.0.tar.gz.name, /Users/luigipetrucco/bg_auto/tempdir/example_mouse_100um_v1.0.tar.gz.name, 4 роки тому
allen_mouse_100um_v1.1.tar.gz 5e7eba7936 Updated: allen_mouse_10um_v1.1.tar, allen_mouse_25um_v1.1.tar, allen_mouse_100um_v1.1.tar, example_mouse_100um_v1.1.tar, 4 роки тому
allen_mouse_100um_v1.2.tar.gz 3be5dae7a3 Updated: allen_mouse_10um_v1.2.tar, allen_mouse_25um_v1.2.tar, allen_mouse_50um_v1.2.tar, allen_mouse_100um_v1.2.tar, example_mouse_100um_v1.2.tar, 4 роки тому
allen_mouse_10um_v0.3.tar.gz 8b6b9768f7 upload renamed allen mouse atlases 4 роки тому
allen_mouse_10um_v1.1.tar.gz 5e7eba7936 Updated: allen_mouse_10um_v1.1.tar, allen_mouse_25um_v1.1.tar, allen_mouse_100um_v1.1.tar, example_mouse_100um_v1.1.tar, 4 роки тому
allen_mouse_10um_v1.2.tar.gz 3be5dae7a3 Updated: allen_mouse_10um_v1.2.tar, allen_mouse_25um_v1.2.tar, allen_mouse_50um_v1.2.tar, allen_mouse_100um_v1.2.tar, example_mouse_100um_v1.2.tar, 4 роки тому
allen_mouse_25um_v0.3.tar.gz 8b6b9768f7 upload renamed allen mouse atlases 4 роки тому
allen_mouse_25um_v1.1.tar.gz 5e7eba7936 Updated: allen_mouse_10um_v1.1.tar, allen_mouse_25um_v1.1.tar, allen_mouse_100um_v1.1.tar, example_mouse_100um_v1.1.tar, 4 роки тому
allen_mouse_25um_v1.2.tar.gz 3be5dae7a3 Updated: allen_mouse_10um_v1.2.tar, allen_mouse_25um_v1.2.tar, allen_mouse_50um_v1.2.tar, allen_mouse_100um_v1.2.tar, example_mouse_100um_v1.2.tar, 4 роки тому
allen_mouse_50um_v0.3.tar.gz 8b6b9768f7 upload renamed allen mouse atlases 4 роки тому
allen_mouse_50um_v1.2.tar.gz 3be5dae7a3 Updated: allen_mouse_10um_v1.2.tar, allen_mouse_25um_v1.2.tar, allen_mouse_50um_v1.2.tar, allen_mouse_100um_v1.2.tar, example_mouse_100um_v1.2.tar, 4 роки тому
allen_mouse_bluebrain_barrels_10um_v1.0.tar.gz c3b4c05fc5 Add v1.0 of barrel atlases 3 місяців тому
allen_mouse_bluebrain_barrels_25um_v1.0.tar.gz c3b4c05fc5 Add v1.0 of barrel atlases 3 місяців тому
azba_zfish_4um_v1.0.tar.gz 0cb83051e3 Add AZBA 3 роки тому
azba_zfish_4um_v1.1.tar.gz aea164ecce Upload files to '' 2 роки тому
azba_zfish_4um_v1.2.tar.gz 45857b5227 Add AZBA v1.2 6 місяців тому
example_mouse_100um_v1.0.tar.gz 79cb1c496d Updated: /Users/luigipetrucco/bg_auto/tempdir/mpin_zfish_1um_v1.0.tar.gz.name, /Users/luigipetrucco/bg_auto/tempdir/allen_mouse_100um_v1.0.tar.gz.name, /Users/luigipetrucco/bg_auto/tempdir/example_mouse_100um_v1.0.tar.gz.name, 4 роки тому
example_mouse_100um_v1.1.tar.gz 5e7eba7936 Updated: allen_mouse_10um_v1.1.tar, allen_mouse_25um_v1.1.tar, allen_mouse_100um_v1.1.tar, example_mouse_100um_v1.1.tar, 4 роки тому
example_mouse_100um_v1.2.tar.gz 3be5dae7a3 Updated: allen_mouse_10um_v1.2.tar, allen_mouse_25um_v1.2.tar, allen_mouse_50um_v1.2.tar, allen_mouse_100um_v1.2.tar, example_mouse_100um_v1.2.tar, 4 роки тому
kim_dev_mouse_idisco_10um_v1.1.tar.gz 23de7549c4 Add kim developmental atlases (standard template, idisco and 5 MRI) 1 рік тому
kim_dev_mouse_idisco_10um_v1.2.tar.gz 966de62130 kim dev v1.2 update 5 місяців тому
kim_dev_mouse_mri_a0_10um_v1.1.tar.gz 23de7549c4 Add kim developmental atlases (standard template, idisco and 5 MRI) 1 рік тому
kim_dev_mouse_mri_a0_10um_v1.2.tar.gz b72bcd8cb5 kim dev v1.2 update 5 місяців тому
kim_dev_mouse_mri_adc_10um_v1.1.tar.gz 23de7549c4 Add kim developmental atlases (standard template, idisco and 5 MRI) 1 рік тому
kim_dev_mouse_mri_adc_10um_v1.2.tar.gz 45aacbfef5 kim dev v1.2 update 5 місяців тому
kim_dev_mouse_mri_dwi_10um_v1.1.tar.gz 23de7549c4 Add kim developmental atlases (standard template, idisco and 5 MRI) 1 рік тому
kim_dev_mouse_mri_dwi_10um_v1.2.tar.gz 9c1e9eec37 kim dev v1.2 update 5 місяців тому
kim_dev_mouse_mri_fa_10um_v1.1.tar.gz 23de7549c4 Add kim developmental atlases (standard template, idisco and 5 MRI) 1 рік тому
kim_dev_mouse_mri_fa_10um_v1.2.tar.gz 6ab45433e4 kim dev v1.2 update 5 місяців тому
kim_dev_mouse_mri_mtr_10um_v1.1.tar.gz f1aad8bbb1 Add kim developmental magnetric transfer ratio (mtr) atlas 1 рік тому
kim_dev_mouse_mri_mtr_10um_v1.2.tar.gz 5ed56d3fa2 kim dev v1.2 update 5 місяців тому
kim_dev_mouse_mri_t2_10um_v1.1.tar.gz 23de7549c4 Add kim developmental atlases (standard template, idisco and 5 MRI) 1 рік тому
kim_dev_mouse_mri_t2_10um_v1.2.tar.gz e4c9102a99 kim dev v1.2 update 5 місяців тому
kim_dev_mouse_stp_10um_v1.1.tar.gz 6c6f307ea3 Update kim developmental atlases standard template to lower case 1 рік тому
kim_dev_mouse_stp_10um_v1.2.tar.gz b68d2dae98 kim dev v1.2 update 5 місяців тому
kim_mouse_100um_v1.0.tar.gz f995007276 add kim atlas resolutions 4 роки тому
kim_mouse_100um_v1.1.tar.gz abfe95d684 updating kim_mouse atlases 6 місяців тому
kim_mouse_10um_v1.0.tar.gz 97c098b9ab add 10um kim atlas resolution 4 роки тому
kim_mouse_10um_v1.1.tar.gz abfe95d684 updating kim_mouse atlases 6 місяців тому
kim_mouse_25um_v1.0.tar.gz b409cb7307 Add new Kim atlas 4 роки тому
kim_mouse_25um_v1.1.tar.gz abfe95d684 updating kim_mouse atlases 6 місяців тому
kim_mouse_50um_v1.0.tar.gz f995007276 add kim atlas resolutions 4 роки тому
kim_mouse_50um_v1.1.tar.gz abfe95d684 updating kim_mouse atlases 6 місяців тому
kim_unified_25um_v0.1.tar.gz 5b0dc29e2c Upload files to '' 4 роки тому
last_versions.conf f97da9b305 Update 'last_versions.conf' 3 тижнів тому
mpin_zfish_1um_v1.0.tar.gz 79cb1c496d Updated: /Users/luigipetrucco/bg_auto/tempdir/mpin_zfish_1um_v1.0.tar.gz.name, /Users/luigipetrucco/bg_auto/tempdir/allen_mouse_100um_v1.0.tar.gz.name, /Users/luigipetrucco/bg_auto/tempdir/example_mouse_100um_v1.0.tar.gz.name, 4 роки тому
osten_mouse_100um_v1.1.tar.gz 7c15dc3bf0 update osten atlases 3 роки тому
osten_mouse_10um_v1.1.tar.gz 7c15dc3bf0 update osten atlases 3 роки тому
osten_mouse_25um_v1.1.tar.gz 7c15dc3bf0 update osten atlases 3 роки тому
osten_mouse_50um_v1.1.tar.gz 7c15dc3bf0 update osten atlases 3 роки тому
perens_lsfm_mouse_20um_v1.0.tar.gz 1a3af12ae7 Add perens LSFM atlas 2 роки тому
perens_lsfm_mouse_20um_v1.1.tar.gz e70728d374 updating perens_lsfm atlas 6 місяців тому
perens_lsfm_mouse_20um_v1.2.tar.gz 4dc875e921 perens_lsfm_mouse_20um v1.2 6 місяців тому
prairie_vole_25um_v1.0.tar.gz c9c2386faa Add initial version of prairie vole atlas 3 тижнів тому
princeton_mouse_20um_v1.0.tar.gz 3af8fd42e1 Add princeton mouse atlas 2 роки тому
princeton_mouse_20um_v1.1.tar.gz 2e6d2eef9c updating princeton_mouse_20um_v1.0.tar.gz to v1.1 7 місяців тому
sju_cavefish_2um_v1.0.tar.gz a605538851 first version of cavefish 5 місяців тому
unam_axolotl_40um_v1.0.tar.gz 8acfcbeafc add packaged axolotl atlas 3 місяців тому
whs_sd_rat_39um_v1.0.tar.gz 2f8443ddd5 Add WHS at atlas 3 роки тому
whs_sd_rat_39um_v1.1.tar.gz 3216ab9e4e fix naming of rat v 1.1 folder inside tar.gz 1 рік тому
whs_sd_rat_39um_v1.2.tar.gz bb180a2abb upload whs rat v1.2 2 місяців тому

README.md

Brainglobe atlases

Repo containing the atlases formatted to be used within Brainglobe.

A number of atlases are in development, but those available currently are:

Atlas Name Resolution Ages Reference Images Name in API
Allen Mouse Brain Atlas 10, 25, 50, and 100 micron P56 STPT allen_mouse_10um, allen_mouse_25um, allen_mouse_100um
Allen Human Brain Atlas 500 micron Adult MRI allen_human_500um
Max Planck Zebrafish Brain Atlas 1 micron 6-dpf FISH mpin_zfish_1um
Enhanced and Unified Mouse Brain Atlas 10, 25, 50, and 100 micron P56 STPT kim_mouse_10um, kim_mouse_25um, kim_mouse_50um, kim_mouse_100um
Smoothed version of the Kim et al. mouse reference atlas 10, 25, 50 and 100 micron P56 STPT osten_mouse_10um, osten_mouse_25um, osten_mouse_50um, osten_mouse_100um
Gubra's LSFM mouse brain atlas 20 micron 8 to 10 weeks post natal LSFM perens_lsfm_mouse_20um
3D version of the Allen mouse spinal cord atlas 20 x 10 x 10 micron Adult Nissl allen_cord_20um
AZBA: A 3D Adult Zebrafish Brain Atlas 4 micron 15-16 weeks post natal LSFM azba_zfish_4um
Waxholm Space atlas of the Sprague Dawley rat brain 39 micron P80 MRI whs_sd_rat_39um
3D Edge-Aware Refined Atlases Derived from the Allen Developing Mouse Brain Atlases 16, 16.75, and 25 micron E13, E15, E18, P4, P14, P28 & P56 Nissl admba_3d_e11_5_mouse_16um, admba_3d_e13_5_mouse_16um, admba_3d_e15_5_mouse_16um, admba_3d_e18_5_mouse_16um, admba_3d_p14_mouse_16.752um, admba_3d_p28_mouse_16.752um, admba_3d_p4_mouse_16.752um, admba_3d_p56_mouse_25um
Princeton Mouse Brain Atlas 20 micron >P56 (older animals included) LSFM princeton_mouse_20um
Kim Lab Developmental CCF 10 micron P56 STP, LSFM (iDISCO) and MRI (a0, adc, dwo, fa, MTR, T2) kim_dev_mouse_stp_10um, kim_dev_mouse_idisco_10um, kim_dev_mouse_mri_a0_10um, kim_dev_mouse_mri_adc_10um, kim_dev_mouse_mri_dwi_10um, kim_dev_mouse_mri_fa_10um, kim_dev_mouse_mri_mtr_10um, kim_dev_mouse_mri_t2_10um
Blind Mexican Cavefish Brain Atlas 2 micron 6 days post fertilisation IHC sju_cavefish_2um
BlueBrain Barrel Cortex Atlas 10 and 25 micron P56 STPT allen_mouse_bluebrain_barrels_10um, allen_mouse_bluebrain_barrels_25um
UNAM Axolotl Brain Atlas 40 micron ~ 3 months post hatching MRI unam_axolotl_40um
Prairie Vole Brain Atlas 25 micron Unknown LSFM prairie_vole_25um