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  1. universe = vanilla
    2. 

  2. output = condor_logs/$(CLUSTER).$(PROCESS).out
    3. 

  3. error = condor_logs/$(CLUSTER).$(PROCESS).err
    4. 

  4. log = condor_logs/$(CLUSTER).$(PROCESS).log
    5. 

  5. initialdir = /home/data/psyinf/forrest_gump/collection/aligned
    6. 

  6. getenv = True
    7. 

  7. request_cpus = 1
    8. 

  8. request_memory = 4000
    9. 

  9. should_transfer_files = NO
    10. 

  10. transfer_executable = False
    11. 

  11. executable = /home/data/psyinf/forrest_gump/collection/aligned/code/mcflirt_2stage
    12. 

  12. 

  13. arguments = src/phase2/sub-01/ses-movie/func/sub-01_ses-movie_task-movie_run-1_bold.nii.gz src/tnt/sub-01/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-01/in_bold3Tp2/sub-01_task-avmovie_run-1_bold.nii.gz
    14. 

  14. queue
    15. 

  15. arguments = src/phase2/sub-01/ses-movie/func/sub-01_ses-movie_task-movie_run-2_bold.nii.gz src/tnt/sub-01/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-01/in_bold3Tp2/sub-01_task-avmovie_run-2_bold.nii.gz
    16. 

  16. queue
    17. 

  17. arguments = src/phase2/sub-01/ses-movie/func/sub-01_ses-movie_task-movie_run-3_bold.nii.gz src/tnt/sub-01/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-01/in_bold3Tp2/sub-01_task-avmovie_run-3_bold.nii.gz
    18. 

  18. queue
    19. 

  19. arguments = src/phase2/sub-01/ses-movie/func/sub-01_ses-movie_task-movie_run-4_bold.nii.gz src/tnt/sub-01/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-01/in_bold3Tp2/sub-01_task-avmovie_run-4_bold.nii.gz
    20. 

  20. queue
    21. 

  21. arguments = src/phase2/sub-01/ses-movie/func/sub-01_ses-movie_task-movie_run-5_bold.nii.gz src/tnt/sub-01/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-01/in_bold3Tp2/sub-01_task-avmovie_run-5_bold.nii.gz
    22. 

  22. queue
    23. 

  23. arguments = src/phase2/sub-01/ses-movie/func/sub-01_ses-movie_task-movie_run-6_bold.nii.gz src/tnt/sub-01/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-01/in_bold3Tp2/sub-01_task-avmovie_run-6_bold.nii.gz
    24. 

  24. queue
    25. 

  25. arguments = src/phase2/sub-01/ses-movie/func/sub-01_ses-movie_task-movie_run-7_bold.nii.gz src/tnt/sub-01/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-01/in_bold3Tp2/sub-01_task-avmovie_run-7_bold.nii.gz
    26. 

  26. queue
    27. 

  27. arguments = src/phase2/sub-01/ses-movie/func/sub-01_ses-movie_task-movie_run-8_bold.nii.gz src/tnt/sub-01/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-01/in_bold3Tp2/sub-01_task-avmovie_run-8_bold.nii.gz
    28. 

  28. queue
    29. 

  29. arguments = src/phase2/sub-02/ses-movie/func/sub-02_ses-movie_task-movie_run-1_bold.nii.gz src/tnt/sub-02/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-02/in_bold3Tp2/sub-02_task-avmovie_run-1_bold.nii.gz
    30. 

  30. queue
    31. 

  31. arguments = src/phase2/sub-02/ses-movie/func/sub-02_ses-movie_task-movie_run-2_bold.nii.gz src/tnt/sub-02/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-02/in_bold3Tp2/sub-02_task-avmovie_run-2_bold.nii.gz
    32. 

  32. queue
    33. 

  33. arguments = src/phase2/sub-02/ses-movie/func/sub-02_ses-movie_task-movie_run-3_bold.nii.gz src/tnt/sub-02/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-02/in_bold3Tp2/sub-02_task-avmovie_run-3_bold.nii.gz
    34. 

  34. queue
    35. 

  35. arguments = src/phase2/sub-02/ses-movie/func/sub-02_ses-movie_task-movie_run-4_bold.nii.gz src/tnt/sub-02/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-02/in_bold3Tp2/sub-02_task-avmovie_run-4_bold.nii.gz
    36. 

  36. queue
    37. 

  37. arguments = src/phase2/sub-02/ses-movie/func/sub-02_ses-movie_task-movie_run-5_bold.nii.gz src/tnt/sub-02/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-02/in_bold3Tp2/sub-02_task-avmovie_run-5_bold.nii.gz
    38. 

  38. queue
    39. 

  39. arguments = src/phase2/sub-02/ses-movie/func/sub-02_ses-movie_task-movie_run-6_bold.nii.gz src/tnt/sub-02/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-02/in_bold3Tp2/sub-02_task-avmovie_run-6_bold.nii.gz
    40. 

  40. queue
    41. 

  41. arguments = src/phase2/sub-02/ses-movie/func/sub-02_ses-movie_task-movie_run-7_bold.nii.gz src/tnt/sub-02/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-02/in_bold3Tp2/sub-02_task-avmovie_run-7_bold.nii.gz
    42. 

  42. queue
    43. 

  43. arguments = src/phase2/sub-02/ses-movie/func/sub-02_ses-movie_task-movie_run-8_bold.nii.gz src/tnt/sub-02/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-02/in_bold3Tp2/sub-02_task-avmovie_run-8_bold.nii.gz
    44. 

  44. queue
    45. 

  45. arguments = src/phase2/sub-03/ses-movie/func/sub-03_ses-movie_task-movie_run-1_bold.nii.gz src/tnt/sub-03/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-03/in_bold3Tp2/sub-03_task-avmovie_run-1_bold.nii.gz
    46. 

  46. queue
    47. 

  47. arguments = src/phase2/sub-03/ses-movie/func/sub-03_ses-movie_task-movie_run-2_bold.nii.gz src/tnt/sub-03/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-03/in_bold3Tp2/sub-03_task-avmovie_run-2_bold.nii.gz
    48. 

  48. queue
    49. 

  49. arguments = src/phase2/sub-03/ses-movie/func/sub-03_ses-movie_task-movie_run-3_bold.nii.gz src/tnt/sub-03/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-03/in_bold3Tp2/sub-03_task-avmovie_run-3_bold.nii.gz
    50. 

  50. queue
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  51. arguments = src/phase2/sub-03/ses-movie/func/sub-03_ses-movie_task-movie_run-4_bold.nii.gz src/tnt/sub-03/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-03/in_bold3Tp2/sub-03_task-avmovie_run-4_bold.nii.gz
    52. 

  52. queue
    53. 

  53. arguments = src/phase2/sub-03/ses-movie/func/sub-03_ses-movie_task-movie_run-5_bold.nii.gz src/tnt/sub-03/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-03/in_bold3Tp2/sub-03_task-avmovie_run-5_bold.nii.gz
    54. 

  54. queue
    55. 

  55. arguments = src/phase2/sub-03/ses-movie/func/sub-03_ses-movie_task-movie_run-6_bold.nii.gz src/tnt/sub-03/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-03/in_bold3Tp2/sub-03_task-avmovie_run-6_bold.nii.gz
    56. 

  56. queue
    57. 

  57. arguments = src/phase2/sub-03/ses-movie/func/sub-03_ses-movie_task-movie_run-7_bold.nii.gz src/tnt/sub-03/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-03/in_bold3Tp2/sub-03_task-avmovie_run-7_bold.nii.gz
    58. 

  58. queue
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  59. arguments = src/phase2/sub-03/ses-movie/func/sub-03_ses-movie_task-movie_run-8_bold.nii.gz src/tnt/sub-03/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-03/in_bold3Tp2/sub-03_task-avmovie_run-8_bold.nii.gz
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  60. queue
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  62. queue
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  63. arguments = src/phase2/sub-04/ses-movie/func/sub-04_ses-movie_task-movie_run-2_bold.nii.gz src/tnt/sub-04/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-04/in_bold3Tp2/sub-04_task-avmovie_run-2_bold.nii.gz
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  68. queue
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  70. queue
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    72. 

  72. queue
    73. 

  73. arguments = src/phase2/sub-04/ses-movie/func/sub-04_ses-movie_task-movie_run-7_bold.nii.gz src/tnt/sub-04/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-04/in_bold3Tp2/sub-04_task-avmovie_run-7_bold.nii.gz
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  74. queue
    75. 

  75. arguments = src/phase2/sub-04/ses-movie/func/sub-04_ses-movie_task-movie_run-8_bold.nii.gz src/tnt/sub-04/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-04/in_bold3Tp2/sub-04_task-avmovie_run-8_bold.nii.gz
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  76. queue
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  78. queue
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  79. arguments = src/phase2/sub-05/ses-movie/func/sub-05_ses-movie_task-movie_run-2_bold.nii.gz src/tnt/sub-05/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-05/in_bold3Tp2/sub-05_task-avmovie_run-2_bold.nii.gz
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  80. queue
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  81. arguments = src/phase2/sub-05/ses-movie/func/sub-05_ses-movie_task-movie_run-3_bold.nii.gz src/tnt/sub-05/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-05/in_bold3Tp2/sub-05_task-avmovie_run-3_bold.nii.gz
    82. 

  82. queue
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  83. arguments = src/phase2/sub-05/ses-movie/func/sub-05_ses-movie_task-movie_run-4_bold.nii.gz src/tnt/sub-05/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-05/in_bold3Tp2/sub-05_task-avmovie_run-4_bold.nii.gz
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  84. queue
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  85. arguments = src/phase2/sub-05/ses-movie/func/sub-05_ses-movie_task-movie_run-5_bold.nii.gz src/tnt/sub-05/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-05/in_bold3Tp2/sub-05_task-avmovie_run-5_bold.nii.gz
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  86. queue
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  88. queue
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  89. arguments = src/phase2/sub-05/ses-movie/func/sub-05_ses-movie_task-movie_run-7_bold.nii.gz src/tnt/sub-05/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-05/in_bold3Tp2/sub-05_task-avmovie_run-7_bold.nii.gz
    90. 

  90. queue
    91. 

  91. arguments = src/phase2/sub-05/ses-movie/func/sub-05_ses-movie_task-movie_run-8_bold.nii.gz src/tnt/sub-05/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-05/in_bold3Tp2/sub-05_task-avmovie_run-8_bold.nii.gz
    92. 

  92. queue
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  93. arguments = src/phase2/sub-06/ses-movie/func/sub-06_ses-movie_task-movie_run-1_bold.nii.gz src/tnt/sub-06/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-06/in_bold3Tp2/sub-06_task-avmovie_run-1_bold.nii.gz
    94. 

  94. queue
    95. 

  95. arguments = src/phase2/sub-06/ses-movie/func/sub-06_ses-movie_task-movie_run-2_bold.nii.gz src/tnt/sub-06/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-06/in_bold3Tp2/sub-06_task-avmovie_run-2_bold.nii.gz
    96. 

  96. queue
    97. 

  97. arguments = src/phase2/sub-06/ses-movie/func/sub-06_ses-movie_task-movie_run-3_bold.nii.gz src/tnt/sub-06/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-06/in_bold3Tp2/sub-06_task-avmovie_run-3_bold.nii.gz
    98. 

  98. queue
    99. 

  99. arguments = src/phase2/sub-06/ses-movie/func/sub-06_ses-movie_task-movie_run-4_bold.nii.gz src/tnt/sub-06/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-06/in_bold3Tp2/sub-06_task-avmovie_run-4_bold.nii.gz
    100. 

  100. queue
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  101. arguments = src/phase2/sub-06/ses-movie/func/sub-06_ses-movie_task-movie_run-5_bold.nii.gz src/tnt/sub-06/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-06/in_bold3Tp2/sub-06_task-avmovie_run-5_bold.nii.gz
    102. 

  102. queue
    103. 

  103. arguments = src/phase2/sub-06/ses-movie/func/sub-06_ses-movie_task-movie_run-6_bold.nii.gz src/tnt/sub-06/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-06/in_bold3Tp2/sub-06_task-avmovie_run-6_bold.nii.gz
    104. 

  104. queue
    105. 

  105. arguments = src/phase2/sub-06/ses-movie/func/sub-06_ses-movie_task-movie_run-7_bold.nii.gz src/tnt/sub-06/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-06/in_bold3Tp2/sub-06_task-avmovie_run-7_bold.nii.gz
    106. 

  106. queue
    107. 

  107. arguments = src/phase2/sub-06/ses-movie/func/sub-06_ses-movie_task-movie_run-8_bold.nii.gz src/tnt/sub-06/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-06/in_bold3Tp2/sub-06_task-avmovie_run-8_bold.nii.gz
    108. 

  108. queue
    109. 

  109. arguments = src/phase2/sub-09/ses-movie/func/sub-09_ses-movie_task-movie_run-1_bold.nii.gz src/tnt/sub-09/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-09/in_bold3Tp2/sub-09_task-avmovie_run-1_bold.nii.gz
    110. 

  110. queue
    111. 

  111. arguments = src/phase2/sub-09/ses-movie/func/sub-09_ses-movie_task-movie_run-2_bold.nii.gz src/tnt/sub-09/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-09/in_bold3Tp2/sub-09_task-avmovie_run-2_bold.nii.gz
    112. 

  112. queue
    113. 

  113. arguments = src/phase2/sub-09/ses-movie/func/sub-09_ses-movie_task-movie_run-3_bold.nii.gz src/tnt/sub-09/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-09/in_bold3Tp2/sub-09_task-avmovie_run-3_bold.nii.gz
    114. 

  114. queue
    115. 

  115. arguments = src/phase2/sub-09/ses-movie/func/sub-09_ses-movie_task-movie_run-4_bold.nii.gz src/tnt/sub-09/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-09/in_bold3Tp2/sub-09_task-avmovie_run-4_bold.nii.gz
    116. 

  116. queue
    117. 

  117. arguments = src/phase2/sub-09/ses-movie/func/sub-09_ses-movie_task-movie_run-5_bold.nii.gz src/tnt/sub-09/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-09/in_bold3Tp2/sub-09_task-avmovie_run-5_bold.nii.gz
    118. 

  118. queue
    119. 

  119. arguments = src/phase2/sub-09/ses-movie/func/sub-09_ses-movie_task-movie_run-6_bold.nii.gz src/tnt/sub-09/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-09/in_bold3Tp2/sub-09_task-avmovie_run-6_bold.nii.gz
    120. 

  120. queue
    121. 

  121. arguments = src/phase2/sub-09/ses-movie/func/sub-09_ses-movie_task-movie_run-7_bold.nii.gz src/tnt/sub-09/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-09/in_bold3Tp2/sub-09_task-avmovie_run-7_bold.nii.gz
    122. 

  122. queue
    123. 

  123. arguments = src/phase2/sub-09/ses-movie/func/sub-09_ses-movie_task-movie_run-8_bold.nii.gz src/tnt/sub-09/bold3Tp2/brain.nii.gz sub-09/in_bold3Tp2/sub-09_task-avmovie_run-8_bold.nii.gz
    124. 

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