Rubio_etal_2021/Code/Scripts/PRUEBA_II_Sgript_Estim_Long_Axon_Estereo_PLANOS.m

function [Matriz_Q, Matriz_Error_Length, Axon_Real_Length, Estimated_Axon_Length, Filas_Centros, Columnas_Centros, Z_Centros] = PRUEBA_II_Sgript_Estim_Long_Axon_Estereo_PLANOS ( AXON_Cell, AXON, Distancias_entre_Planos, Step_Lengths, Grosor_Corte, h_Cortes, lado_x_Frame, lado_y_Frame, sampling_box_height, AZIM, ELEV, ONSET )

% INPUT

% h_Cortes = 1;   % Analizamos un corte cada 'h_Cortes' cortes de la muestra
% % El 'frame' es la sampling box en la que se introduce la esfera; esa caja luego se introduce en la celda de la rejilla en que se ha dividido el corte.
% lado_x_Frame = 25;   % en micras
% lado_y_Frame = 25;   % en micras
% sampling_box_height = 25;   % en micras


% Longitud total del axón
branch_length = zeros( 1, length(AXON_Cell) );
aa= 0;
for i = 1:length(AXON_Cell)
    
    dummy = AXON_Cell{1, i};
    diff_dummy = diff( dummy, 1, 1 );
    branch_length( i ) = sum( sqrt( sum( diff_dummy(:, 1:3).^2, 2 ) ) );
    aa = aa + length(dummy);
end
Axon_Real_Length = sum( branch_length );


% Generamos cortes de en el plano xy
CORTES_XY_AXON = cell( 1, length( Step_Lengths ) );
FILAS_REJILLA = cell( 1, length( Step_Lengths ) );
COLUMNAS_REJILLA = cell( 1, length( Step_Lengths ) );
CORTES = cell( 1, length( Step_Lengths ) );

for e = 1:length( Step_Lengths )
    
%     [Cortes_XY_Axon, Filas_Rejilla, Columnas_Rejilla, Cortes] = Script_Corte_y_Rejilla_del_Axon ( AXON, AXON_Cell, Grosor_Corte, Step_Lengths( e ), Step_Lengths( e ) );
    [Cortes_XY_Axon, Filas_Rejilla, Columnas_Rejilla, Cortes] = Script_Corte_y_Rejilla_del_Axon_2 ( AXON, AXON_Cell, Grosor_Corte, Step_Lengths( e ), Step_Lengths( e ) );
    
    CORTES_XY_AXON{1, e} = Cortes_XY_Axon;
    FILAS_REJILLA{1, e} = Filas_Rejilla;
    COLUMNAS_REJILLA{1, e}= Columnas_Rejilla;
    CORTES{1, e} = Cortes;
    disp([num2str(e), ' muestra preparada de ', num2str(length( Step_Lengths ))]);
    
end

Matriz_Q = zeros(length( Step_Lengths ), length( Distancias_entre_Planos ));   % Filas para los step_lengths y columnas para los diámetros de la sonda
Matriz_Error_Length = zeros(length( Step_Lengths ), length( Distancias_entre_Planos ));   % Filas para los step_lengths y columnas para lso diámetros de la sonda
% Obtenemos las intersecciones de la esfera para estimar la longitud total:
for e = 1:length( Step_Lengths )
    
    for d = 1:length( Distancias_entre_Planos )  % Recorremos los diámteros de la sonda esférica:
        
%         [Q, ~, Error_Length] = Script_Analisis_Esferas_Neuronas_1 ( CORTES_XY_AXON{1, e}, h_Cortes, Diams_Sonda( d )/2, COLUMNAS_REJILLA{1, e}, Step_Lengths( e ), FILAS_REJILLA{1, e}, Step_Lengths( e ), CORTES{1, e}, Grosor_Corte, lado_x_Frame, lado_y_Frame, sampling_box_height, Axon_Real_Length );
        [Q, ~, Error_Length, Estimated_Axon_Length, Filas_Centros, Columnas_Centros, Z_Centros] = PRUEBA_II_Script_Analisis_PLANOS_Neuronas_1 ( CORTES_XY_AXON{1, e}, h_Cortes, COLUMNAS_REJILLA{1, e}, Step_Lengths( e ), FILAS_REJILLA{1, e}, Step_Lengths( e ), CORTES{1, e}, Grosor_Corte, lado_x_Frame, lado_y_Frame, sampling_box_height, Axon_Real_Length, Distancias_entre_Planos( d ), AZIM, ELEV, ONSET );
        
        Matriz_Q( e, d ) = Q;
        Matriz_Error_Length( e, d ) = Error_Length;
        disp([e, d]);
        
    end
    
end