Rubio_etal_2021/Code/Scripts/PRELIMINAR_Isotropia_Neuronas.m

clear all;

%
clc
% Leemos el archivo de Matlab conteniendo las neuronas

Num_File = 6;
load(['Neurona_Matlab_', num2str(Num_File), '.mat']);

% Ploteamos

clc

colores = {'r', 'b', 'm', 'k', 'g'};

% figure;
% hold on;
% for i = 1:length(AXON_Cell)
%     
%     Puntos_Axon = AXON_Cell{1, i};
%     plot3( Puntos_Axon(:, 1), Puntos_Axon(:, 2), Puntos_Axon(:, 3), '-k', 'linewidth', 1.5 );
%     xlabel('X');
%     ylabel('Y');
%     zlabel('Z');
%     % zlim([150 200]);
%     % view([-96, -90]);
%     %     axis equal
% end

% %% Calculamos los alpha óptimos para estimar la long total del axón de la long de la proyección en los tres planos
clc

% ----------------  Plano Proyección XY  --------------------
[alpha_Opt.XY, Axon_Length, Axon_Length_Proyecc.XY] = Estim_Long_Axon_Proyeccion( AXON_Cell, 1, 2 );

% ----------------  Plano Proyección XZ  --------------------
[alpha_Opt.XZ, Axon_Length, Axon_Length_Proyecc.XZ] = Estim_Long_Axon_Proyeccion( AXON_Cell, 1, 3 );

% ----------------  Plano Proyección YZ  --------------------
[alpha_Opt.YZ, Axon_Length, Axon_Length_Proyecc.YZ] = Estim_Long_Axon_Proyeccion( AXON_Cell, 2, 3 );


% %% Isotropía de los ángulos esféricos

h_Azim = 20;
h_Elev = 10;

[Entropy2D, AZIM, ELEV, Prob_Angles_2D, AZIM_Edges, ELEV_Edges] = Isotropia_Angulos_Esfericos( AXON_Cell, h_Azim, h_Elev );

% %% Isotropía de los ángulos en la proyección del axón

h_Theta = 20;

[Entropy_1D, THETA, Prob_Angles_1D, THETA_Edges] = Isotropia_Proyeccion( AXON_Cell, h_Theta );

% % %%
% clc
% 
% figure; 
% bar(THETA_Edges(1:end-1), Prob_Angles_1D.XY);
% xlabel('Theta', 'fontsize', 15);
% title( ['Neuron ', num2str(Num_File), '.   Entropy XY = ', num2str(Entropy_1D.XY)], 'fontsize', 15 );



% %% Ploteamos el histograma

AZIM_Centers = AZIM_Edges(1:end-1) + diff(AZIM_Edges)/2;
ELEV_Centers = ELEV_Edges(1:end-1) + diff(ELEV_Edges)/2;
[AA, EE] = meshgrid(AZIM_Centers, ELEV_Centers);

figure('color', 'w');
surf(AA, EE, Prob_Angles_2D');
xlim([-170, 170]);
ylim([-80, 80]);
view([0, 90])
axis square
xlabel('Azimuth (deg)', 'fontsize', 18);
ylabel('Elevation (deg)', 'fontsize', 18);
title(['Entropy = ', num2str(Entropy2D)], 'fontsize', 16);
% colorbar

%%

figure; 
bar(AZIM_Centers, sum(Prob_Angles_1D.XY, 1));
xlabel('Theta', 'fontsize', 15);
title( ['Neuron ', num2str(Num_File), '.   Entropy XY = ', num2str(Entropy_1D.XY)], 'fontsize', 15 );


%% Alpha vs. Entropía de los ángulos esféricos

Ent = [4.786 5.328 4.633 4.545];
Alp = [1.14 1.26 1.15 1.03];

figure;
plot(Ent, Alp, 'o', 'markerfacecolor', 'b', 'markersize', 10);
xlabel('Entropy 2D', 'fontsize', 16);
ylabel('Alpha', 'fontsize', 16);

%% %%%%%%%%%%








%%
% Entropy_3 = Entropy_1D;
% alpha_Opt_3 = alpha_Opt;

% Entropy_4 = Entropy_1D;
% alpha_Opt_4 = alpha_Opt;

% Entropy_5 = Entropy_1D;
% alpha_Opt_5 = alpha_Opt;

Entropy_6 = Entropy_1D;
alpha_Opt_6 = alpha_Opt;

%% Ploteamos

Ent_XY = [Entropy_3.XY, Entropy_4.XY, Entropy_5.XY, Entropy_6.XY];
Ent_XZ = [Entropy_3.XZ, Entropy_4.XZ, Entropy_5.XZ, Entropy_6.XZ];
Ent_YZ = [Entropy_3.YZ, Entropy_4.YZ, Entropy_5.YZ, Entropy_6.YZ];

Alp_XY = [alpha_Opt_3.XY, alpha_Opt_4.XY, alpha_Opt_5.XY, alpha_Opt_6.XY];
Alp_XZ = [alpha_Opt_3.XZ, alpha_Opt_4.XZ, alpha_Opt_5.XZ, alpha_Opt_6.XZ];
Alp_YZ = [alpha_Opt_3.YZ, alpha_Opt_4.YZ, alpha_Opt_5.YZ, alpha_Opt_6.YZ];

figure;
hold on;
plot(Ent_XY, Alp_XY, 'o', 'markerfacecolor', 'b', 'markersize', 10);
plot(Ent_XZ, Alp_XZ, 'o', 'markerfacecolor', 'r', 'markersize', 10);
plot(Ent_YZ, Alp_YZ, 'o', 'markerfacecolor', 'k', 'markersize', 10);
xlabel('Entropy 1D', 'fontsize', 16);
ylabel('Alpha', 'fontsize', 16);
legend('XY', 'XZ', 'YZ');