reference-preprocessing
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ABIDE_fs-6.0.0


			
			
				
					
						
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							Wed May 30 14:45:28 CEST 2018
FREESURFER_HOME /pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0
Actual FREESURFER_HOME /pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0
/pasteur/projets/policy01/cinq/rto/data/abide/fs-6.0.0/0050165
setenv SUBJECTS_DIR /pasteur/projets/policy01/cinq/rto/data/abide/fs-6.0.0
-s 0050165 -qcache -measure w-g.pct.mgh
Linux tars-435 2.6.32-696.18.7.el6.x86_64 #1 SMP Thu Jan 4 17:31:22 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

cputime      unlimited
filesize     unlimited
datasize     unlimited
stacksize    10240 kbytes
coredumpsize 0 kbytes
memoryuse    1048576 kbytes
vmemoryuse   unlimited
descriptors  65536 
memorylocked 64 kbytes
maxproc      1024 

MODULE_VERSION_STACK=3.3
SLURM_NODELIST=tars-435
SLURM_CHECKPOINT_IMAGE_DIR=/var/slurm/checkpoint
FSL_BIN=/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin
MANPATH=/pasteur/homes/ntraut/local/share/man:/pasteur/homes/ntraut/perl5/perlbrew/perls/perl-5.25.10/man:/pasteur/homes/ntraut/.linuxbrew/share/man:/pasteur/services/policy01/slurm/tars/slurm//share/man:/usr/local/share/man:/usr/share/man/fr:/usr/share/man
SLURM_JOB_NAME=fs-resample
PERLBREW_VERSION=0.78
HOSTNAME=tars-435
SLURM_TOPOLOGY_ADDR=tars-435
SLURMD_NODENAME=tars-435
DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH=/pasteur/homes/ntraut/bin/afni:/pasteur/homes/ntraut/bin/afni:/pasteur/homes/ntraut/bin/c3d/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/mindboggle/mindboggle:/pasteur/homes/ntraut/bin/mindboggle/vtk_cpp_tools/bin:/pasteur/homes/ntraut/local/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/fsfast/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/tktools:/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni/bin:/pasteur/homes/ntraut/anaconda3/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/perl5/perlbrew/bin:/pasteur/homes/ntraut/perl5/perlbrew/perls/perl-5.25.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/.linuxbrew/bin:/pasteur/services/policy01/slurm/tars/slurm//bin:/pasteur/services/policy01/slurm/tars/slurm//sbin:/local/gensoft2/adm/Modules/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/plink-1.90:/pasteur/homes/ntraut/bin/afni:/pasteur/homes/ntraut/bin/c3d/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/mindboggle/mindboggle:/pasteur/homes/ntraut/bin/mindboggle/vtk_cpp_tools/bin:/pasteur/homes/ntraut/local/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/fsfast/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/tktools:/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni/bin:/pasteur/homes/ntraut/anaconda3/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/git-annex:/pasteur/services/policy01/slurm/tars/slurm//bin:/pasteur/services/policy01/slurm/tars/slurm//sbin:/local/gensoft2/adm/Modules/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/pasteur/homes/ntraut/bin/antsbin/bin/:/pasteur/homes/ntraut/bin/antsbin/bin/
FS_OVERRIDE=0
SLURM_PRIO_PROCESS=0
PERLBREW_PERL=perl-5.25.10
SLURM_NODE_ALIASES=(null)
SHELL=/bin/bash
TERM=screen
ANTSPATH=/pasteur/homes/ntraut/bin/antsbin/bin/
HISTSIZE=1000
SLURM_JOB_QOS=fast
SSH_CLIENT=157.99.99.26 49710 22
TMPDIR=/local/scratch
SLURM_TOPOLOGY_ADDR_PATTERN=node
FSLMULTIFILEQUIT=TRUE
PERL5LIB=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni/share/perl5
SLURM_ARRAY_JOB_ID=38034523
LC_NUMERIC=en_US.UTF-8
vtk_cpp_tools=/pasteur/homes/ntraut/bin/mindboggle/vtk_cpp_tools/bin
OS=Linux
SSH_TTY=/dev/pts/141
UKB=/pasteur/projets/policy01/cinq/rto/ukb-annex
LOCAL_DIR=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/local
USER=ntraut
SLURM_NNODES=1
LD_LIBRARY_PATH=/pasteur/homes/ntraut/local/lib:/pasteur/homes/ntraut/local/lib64
LS_COLORS=rs=0:di=01;34:ln=01;36:mh=00:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:mi=01;05;37;41:su=37;41:sg=30;43:ca=30;41:tw=30;42:ow=34;42:st=37;44:ex=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lzh=01;31:*.lzma=01;31:*.tlz=01;31:*.txz=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.dz=01;31:*.gz=01;31:*.lz=01;31:*.xz=01;31:*.bz2=01;31:*.tbz=01;31:*.tbz2=01;31:*.bz=01;31:*.tz=01;31:*.deb=01;31:*.rpm=01;31:*.jar=01;31:*.rar=01;31:*.ace=01;31:*.zoo=01;31:*.cpio=01;31:*.7z=01;31:*.rz=01;31:*.jpg=01;35:*.jpeg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.pbm=01;35:*.pgm=01;35:*.ppm=01;35:*.tga=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.tiff=01;35:*.png=01;35:*.svg=01;35:*.svgz=01;35:*.mng=01;35:*.pcx=01;35:*.mov=01;35:*.mpg=01;35:*.mpeg=01;35:*.m2v=01;35:*.mkv=01;35:*.ogm=01;35:*.mp4=01;35:*.m4v=01;35:*.mp4v=01;35:*.vob=01;35:*.qt=01;35:*.nuv=01;35:*.wmv=01;35:*.asf=01;35:*.rm=01;35:*.rmvb=01;35:*.flc=01;35:*.avi=01;35:*.fli=01;35:*.flv=01;35:*.gl=01;35:*.dl=01;35:*.xcf=01;35:*.xwd=01;35:*.yuv=01;35:*.cgm=01;35:*.emf=01;35:*.axv=01;35:*.anx=01;35:*.ogv=01;35:*.ogx=01;35:*.aac=01;36:*.au=01;36:*.flac=01;36:*.mid=01;36:*.midi=01;36:*.mka=01;36:*.mp3=01;36:*.mpc=01;36:*.ogg=01;36:*.ra=01;36:*.wav=01;36:*.axa=01;36:*.oga=01;36:*.spx=01;36:*.xspf=01;36:
FSFAST_HOME=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/fsfast
FSLGECUDAQ=cuda.q
MNI_PERL5LIB=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni/share/perl5
PERLBREW_BASHRC_VERSION=0.78
RDB=/pasteur/projets/policy01/cinq/rto/data/rdb
FMRI_ANALYSIS_DIR=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/fsfast
SLURM_JOBID=38034638
FSF_OUTPUT_FORMAT=nii.gz
SLURM_ARRAY_TASK_ID=115
MINC_BIN_DIR=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni/bin
PERLBREW_ROOT=/pasteur/homes/ntraut/perl5/perlbrew
TMUX=/tmp/tmux-27868/default,10184,0
SUBJECTS_DIR=/pasteur/projets/policy01/cinq/rto/data/abide/fs-6.0.0
SACCT_FORMAT=JobID%18,JobName%20,State,ExitCode,MaxRSS,UserCPU,Elapsed,End,NodeList,NCPUS
MAIL=/var/spool/mail/ntraut
MODULE_VERSION=3.3
PATH=/pasteur/homes/ntraut/bin/plink-1.90:/pasteur/homes/ntraut/bin/afni:/pasteur/homes/ntraut/bin/c3d/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/mindboggle/mindboggle:/pasteur/homes/ntraut/bin/mindboggle/vtk_cpp_tools/bin:/pasteur/homes/ntraut/local/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/fsfast/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/tktools:/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni/bin:/pasteur/homes/ntraut/anaconda3/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/perl5/perlbrew/bin:/pasteur/homes/ntraut/perl5/perlbrew/perls/perl-5.25.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/.linuxbrew/bin:/pasteur/services/policy01/slurm/tars/slurm//bin:/pasteur/services/policy01/slurm/tars/slurm//sbin:/local/gensoft2/adm/Modules/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/plink-1.90:/pasteur/homes/ntraut/bin/afni:/pasteur/homes/ntraut/bin/c3d/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/mindboggle/mindboggle:/pasteur/homes/ntraut/bin/mindboggle/vtk_cpp_tools/bin:/pasteur/homes/ntraut/local/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/fsfast/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/tktools:/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni/bin:/pasteur/homes/ntraut/anaconda3/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin:/pasteur/homes/ntraut/bin/git-annex:/pasteur/services/policy01/slurm/tars/slurm//bin:/pasteur/services/policy01/slurm/tars/slurm//sbin:/local/gensoft2/adm/Modules/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/pasteur/homes/ntraut/bin/antsbin/bin/:/pasteur/homes/ntraut/bin/antsbin/bin/:/pasteur/homes/ntraut/bin/p7zip_16.02/bin
SLURM_ARRAY_TASK_COUNT=1102
SLURM_TASKS_PER_NODE=1
HOMEBREW_NO_ENV_FILTERING=1
SLURM_WORKING_CLUSTER=tars:tars-master:6817:8192
SLURM_JOB_ID=38034638
PWD=/pasteur/projets/policy01/cinq/rto/data/abide/fs-6.0.0/0050165
SLURM_JOB_USER=ntraut
FUNCTIONALS_DIR=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/sessions
SLURM_ARRAY_TASK_MAX=1102
EDITOR=vim
LANG=C
FSLTCLSH=/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin/fsltclsh
MODULEPATH=/local/gensoft2/modules:/local/gensoft2/devmodules:/etc/modulefiles:/local/gensoft2/adm/Modules/3.3.a/share/modulefiles
FSLMACHINELIST=
LOADEDMODULES=
SLURM_JOB_UID=27868
MINC_LIB_DIR=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni/lib
PERLBREW_HOME=/pasteur/homes/ntraut/.perlbrew
TMUX_PANE=%49
SLURM_NODEID=0
SLURM_SUBMIT_DIR=/pasteur/projets/policy01/cinq/rto/data/rdb/scripts
FSLREMOTECALL=
RTO=/pasteur/projets/policy01/cinq/rto
SCANCEL_USER=ntraut
SLURM_TASK_PID=16798
FSLWISH=/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10/bin/fslwish
SQUEUE_FORMAT=%.18i %.9P %.8j %.8u %.6g %.2t %.10M %.8q %.8Q %.8m %.3c %.6D %R
SLURM_CPUS_ON_NODE=1
CINQ=/pasteur/projets/policy01/cinq
HISTCONTROL=ignoredups
ENVIRONMENT=BATCH
SLURM_PROCID=0
SLURM_ARRAY_TASK_MIN=1
SLURM_JOB_NODELIST=tars-435
HOME=/pasteur/homes/ntraut
SHLVL=6
MNI_DIR=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni
SLURM_ARRAY_TASK_STEP=1
SLURM_LOCALID=0
FREESURFER_HOME=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0
FSLDISPLAY=/usr/bin/display
PERLBREW_MANPATH=/pasteur/homes/ntraut/perl5/perlbrew/perls/perl-5.25.10/man
FSLCONVERT=/usr/bin/convert
SLURM_CLUSTER_NAME=tars
SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE=1
SLURM_JOB_GID=532
SLURM_SUBMIT_HOST=tars-submit0
SLURM_GTIDS=0
SLURM_JOB_PARTITION=dedicated
LOGNAME=ntraut
PERLBREW_PATH=/pasteur/homes/ntraut/perl5/perlbrew/bin:/pasteur/homes/ntraut/perl5/perlbrew/perls/perl-5.25.10/bin
CVS_RSH=ssh
FSLDIR=/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10
SSH_CONNECTION=157.99.99.26 50214 157.99.211.101 22
SLURM_JOB_ACCOUNT=ghfc
FIX_VERTEX_AREA=
SLURM_JOB_NUM_NODES=1
LESSOPEN=||/usr/bin/lesspipe.sh %s
INFOPATH=/pasteur/homes/ntraut/.linuxbrew/share/info:
FSLLOCKDIR=
FSLOUTPUTTYPE=NIFTI_GZ
MNI_DATAPATH=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/mni/data
G_BROKEN_FILENAMES=1
SLURM_MEM_PER_NODE=1024
FSL_DIR=/pasteur/homes/ntraut/bin/fsl-5.0.10
BASH_FUNC_glibrun()=() {  $HOME/.linuxbrew/lib/ld-2.23.so --library-path $HOME/.linuxbrew/lib $@
}
BASH_FUNC_module()=() {  eval `/local/gensoft2/adm/Modules/$MODULE_VERSION/bin/modulecmd bash ${1+"$@"}`
}
_=/pasteur/homes/ntraut/bin/freesurfer-6.0.0/bin/recon-all
HOSTTYPE=x86_64-linux
VENDOR=unknown
OSTYPE=linux
MACHTYPE=x86_64
GROUP=Ghfc
HOST=tars-435
OMP_NUM_THREADS=1
ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_THREADS=1
REQUIRE_FS_MATCH=0