|
@@ -0,0 +1,58 @@
|
|
|
+ # エラーが無視されるのを防ぐため
|
|
|
+ set -e
|
|
|
+
|
|
|
+ # 必要なパッケージのインストール
|
|
|
+
|
|
|
+ conda install git-annex=8.20210903
|
|
|
+ conda install git=2.35.0
|
|
|
+ conda install datalad=0.15.4
|
|
|
+ conda install chardet==4.0.0
|
|
|
+ pip install --upgrade pip
|
|
|
+ pip install notebook
|
|
|
+ pip install papermill==2.3.3
|
|
|
+ pip install blockdiag==3.0.0
|
|
|
+ pip install lxml==4.7.1
|
|
|
+ pip install nbformat==5.2.0
|
|
|
+ pip install black==21.12b0
|
|
|
+ pip install snakemake
|
|
|
+ pip install boto3
|
|
|
+
|
|
|
+ # 拡張機能のインストール
|
|
|
+ pip install jupyter_contrib_nbextensions
|
|
|
+ jupyter contrib nbextension install --user
|
|
|
+ jupyter nbextensions_configurator enable --user
|
|
|
+
|
|
|
+ # Jupyter-LC_run_through
|
|
|
+ pip install git+https://github.com/NII-cloud-operation/Jupyter-LC_run_through
|
|
|
+ jupyter run-through quick-setup --user
|
|
|
+
|
|
|
+ # Jupyter-multi_outputs
|
|
|
+ pip install git+https://github.com/NII-cloud-operation/Jupyter-multi_outputs
|
|
|
+ jupyter nbextension install --py lc_multi_outputs --user
|
|
|
+ jupyter nbextension enable --py lc_multi_outputs --user
|
|
|
+
|
|
|
+ # フォントの用意
|
|
|
+ font_deb=fonts-ipafont-gothic_00303-18ubuntu1_all.deb
|
|
|
+ mkdir ${HOME}/.fonts
|
|
|
+ wget -P ${HOME}/.fonts http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/f/fonts-ipafont/${font_deb}
|
|
|
+ dpkg-deb -x ${HOME}/.fonts/${font_deb} ~/.fonts
|
|
|
+ cp ~/.fonts/usr/share/fonts/opentype/ipafont-gothic/ipag.ttf ~/.fonts/ipag.ttf
|
|
|
+ rm ${HOME}/.fonts/${font_deb}
|
|
|
+ rm -rf ${HOME}/.fonts/etc ${HOME}/.fonts/usr
|
|
|
+
|
|
|
+ # workフォルダを削除
|
|
|
+ rm -rf ${HOME}/work
|
|
|
+
|
|
|
+ # datalad procedureフォルダを用意
|
|
|
+ mkdir -p ${HOME}/.config/datalad/procedures
|
|
|
+
|
|
|
+ ##### User Custom Area [Start] ######
|
|
|
+ # postBuildファイルを編集する場合は、「User Custom Area」内に記述してください。
|
|
|
+ # それ以外の記述は書き換えないでください。ワークフロー機能が正常に働かなくなる可能性があります。
|
|
|
+ # postBuildファイルに記述されたコマンドは一般ユーザ権限として実行されます。
|
|
|
+ # aptコマンドでパッケージをインストールする場合は、apt.txtに追記してください。
|
|
|
+
|
|
|
+
|
|
|
+
|
|
|
+
|
|
|
+ ###### User Custom Area [End] #######
|