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@@ -17,7 +17,7 @@
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"\n",
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"- このステップでは、パイプライン定義ファイルとパッケージ群の情報に相違がないか確認します。\n",
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"- 以下のセルを実行し、エラーが起きないことを確認してください。\n",
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- "- エラーが起きた場合は、[pipeline.json](../../../../experiments/pipeline.json)を修正＆エラーが起きなくなるまで再実行を繰り返してください。"
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|
+ "- エラーが起きた場合は、表示されたリンクに遷移してパイプライン定義ファイルを修正＆エラーが起きなくなるまで再実行を繰り返してください。"
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]
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},
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|
{
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@@ -50,7 +50,8 @@
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"\n",
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"# 過不足の確認\n",
|
|
|
"if set(pipeline) != set(experiments):\n",
|
|
|
- " raise(\"実験パイプラインと実験パッケージ間で相違がある\")"
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|
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+ " link = \"https://jupyter.cs.rcos.nii.ac.jp\" + os.environ[\"JUPYTERHUB_SERVICE_PREFIX\"] + \"edit/experiments/pipeline.json\"\n",
|
|
|
+ " raise Exception(\"実験パイプラインと実験パッケージ間で相違があります\\n\\n以下のURLに遷移して修正してください\\n\" + link)"
|
|
|
]
|
|
|
},
|
|
|
{
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|
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@@ -66,19 +67,23 @@
|
|
|
"metadata": {},
|
|
|
"outputs": [],
|
|
|
"source": [
|
|
|
- "import papermill as pm\n",
|
|
|
+ "%cd ~/\n",
|
|
|
+ "!git add ~/\n",
|
|
|
+ "!git commit -m '実験パイプラインのチェック'\n",
|
|
|
"\n",
|
|
|
- "pm.execute_notebook(\n",
|
|
|
- " '../util/datalad_save_push.ipynb',\n",
|
|
|
- " '-',\n",
|
|
|
- " parameters = dict(SAVE_MESSAGE = 'パイプライン構築', PATH = [未定])\n",
|
|
|
- ")"
|
|
|
+ "# import papermill as pm\n",
|
|
|
+ "# \n",
|
|
|
+ "# pm.execute_notebook(\n",
|
|
|
+ "# '../util/datalad_save_push.ipynb',\n",
|
|
|
+ "# '-',\n",
|
|
|
+ "# parameters = dict(SAVE_MESSAGE = 'パイプライン構築', PATH = [未定])\n",
|
|
|
+ "# )"
|
|
|
]
|
|
|
}
|
|
|
],
|
|
|
"metadata": {
|
|
|
"kernelspec": {
|
|
|
- "display_name": "Python 3 (ipykernel)",
|
|
|
+ "display_name": "Python 3",
|
|
|
"language": "python",
|
|
|
"name": "python3"
|
|
|
},
|
|
|
@@ -92,7 +97,7 @@
|
|
|
"name": "python",
|
|
|
"nbconvert_exporter": "python",
|
|
|
"pygments_lexer": "ipython3",
|
|
|
- "version": "3.7.12"
|
|
|
+ "version": "3.8.12"
|
|
|
}
|
|
|
},
|
|
|
"nbformat": 4,
|
