epilepsy-potassium-calculation/article/article_notes.txt

- Разделы должны быть переставляемы.
- Все формулы в Материалы и Методы. Методы не ссылаются на Результаты.
- В Результатах ссылаться на Методы.
- отделить наличие АР радиуса от уравнений
- Написать систему в самом полном с диффузией и пуассона.
- рассмотреть 3 случая: диффузия, пуассон, и то и другое
- внутри каждого случая рассматривать с разными параметрами, с АР и без и т.д.
Хочется показать:
- Скорость первых иктальных разрядов ID определяется только диффузией Калия (от статьи Травеляна)?
- Распространение за фронтом IID-2 (у Травеляна это afterdischarge) засчет синаптических связей быстро(Пуассон) со скоростью порядка 10 мм/с
- IID-1(преиктальные у Травеляна) тоже распространяются быстро, быстрее 1мм/с, но медленнее IID-2. Могут ли они обогнять фронт основной концентрации ID?

- скорость иктального разряда, если в двух разнесенных точках мы измерим V или U, K, то получим одинаковое значение с какой-то задержкой это и будет скоростью.
  К сглаживает интериктальные внутри иктального

Более простая история:
- Диффузия Калия необходима для распространения иктального разряда. Пуассон по отдельности недостаточен.


- Для диффузии увеличить gE вне радиуса, чтобы волна была более выражена.
- Nu превалирует в комбинации с Phi в (1,2), но используем их прямую сумму.
- Убрать однородный шум для фи, без него. Использовать коэф. в 1,2 для dK_reset, dNa_reset.
- Сделать покадровое сравнение диффузии К и Фи. Описать словами чем они отличаются.
Перед разрядом, в середине. Фиксированное количество кадров, через одинаковые интервалы для разных расчетов.
Ухватить максимум и минимум Калия.

После написании черновика

- 3ий вариант расчета, когда нет радиуса. Вся область имеет выскоий gE. Для фи и для диффузии.



  # 4AP пипетка diameter кончика 20-30 микрон, 0.2-0.3 микролитра 30милимольного раствора?
  # Затрагивает область в 100 микрон. Макс 200 микрон. Имаджинг несколько квадратных мм.
  # один пиксель - 50 микрон
  # внеклеточный электрод вводится не в область 4AP, электрод мегомный, пишет мультиюнит.
  #

Что нам нужно показать?

1. Активность, вызванную каплей 4-AP. Она должна хоть сколько-то распространяться, а концентрация калия проваливаться после иктального разряда.
2. Как активность может случайно возникнуть и куда будет распространяться в случае, когда имеется неоднородный шум и повышенное возбуждение во всей области (параметры gE и K_bath).
3 и 4. То же с ур. Пуассона, без диффузии калия.

5. Самое сложное - найти параметры, при которых наблюдаются волны, т.е. разряды, распространяющиеся по всей расчётной области. Оба механизма, диффузия и Пуассон включены.

6. Скорость иктальных разрядов. Надо показать, что фронт иктального разряда распространяется медленно, медленнее 1 mm/s.  Предположительно, это происходит из-за растекания калия. Если калий уже растёкся, то фронт может ускориться до десятков mm/s.

7. В точках, в которых уже идёт иктальный разряд, отдельные пачки скоррелированы так, что можно измерить их скорость распространения, и она составляет несколько десятков mm/s.

Вот таким я вижу идеальный набор результатов.

- Запустить симуляцию на квадрате
- Скорости считать на полосе
- Отчего зависит скорость при диффузии и при синаптической передачи. Найти интуитивно параметры.

Нам нужно понять механизм распространения иктального разряда (ИР). У нас есть 2 предположения об этом механизме - диффузия и син. передача. Мы знаем, что скорость ИР составляет доли mm/s (но может быть больше). Будем считать характерным значением 0.5 mm/s. Мы видим, что и модель с диффузией и модель с син. передачей могут воспроизвести ИР, распространяющийся с такой скоростью. Конечно, это может происходить не для одного набора параметров, а для некоторого множества. Существует ли такой набор параметров (конечно, исключая D для случая с диффузией и lambda для случая с син. передачей), чтобы для двух механизмов наблюдалась бы волна со скоростью 0.5 mm/s? Это было бы хорошо. В любом случае, нам нужно продемонстрировать волны с этой скоростью, наблюдаемые при двух механизмах (2 решения). И сравнить их (например, указав на параметры, к которым эти волны по-разному чувствительны при двух механизмах). Отличия должны помочь экспериментаторам распознать механизм, реализующийся в действительности.
Далее мы вспомним, что ИР состоит из кластера интериктально-подобных разрядов (ИИР). В уже полученных 2-х решениях нам нужно попытаться определить скорости ИИР. Если они окажутся на порядок больше скорости ИР, то это будет большой удачей. Если нет, то не беда, не будем над этим биться.