NHP-pRF/Toolboxes/analyzePRF/utilities/getcanonicalhrf.m

function hrf = getcanonicalhrf(duration,tr)

% function hrf = getcanonicalhrf(duration,tr)
%
% <duration> is the duration of the stimulus in seconds.
%   should be a multiple of 0.1 (if not, we round to the nearest 0.1).
%   0 is automatically treated as 0.1.
% <tr> is the TR in seconds.
%
% generate a predicted HRF to a stimulus of duration <duration>, 
% with data sampled at a TR of <tr>.
%
% the resulting HRF is a row vector whose first point is 
% coincident with stimulus onset.  the HRF is normalized such 
% that the maximum value is one.
%
% the predicted HRF is generated based on experimentally observed
% HRFs from various datasets.
%
% history:
% 2013/11/18 - use a smoother HRF (derived from fitting spm_hrf to empirically measured
%              HRFs).  this ensures that the HRFs returned by this function are 
%              smooth even at short stimulus durations.  note that this change does
%              change previous behavior of this function!  we also round <duration>
%              to the nearest 0.1 to keep things simple.
%
% example:
% hrf = getcanonicalhrf(4,1);
% figure; plot(0:length(hrf)-1,hrf,'ro-');

% inputs
if duration == 0
  duration = 0.1;
end

% obtain canonical response to a 0.1-s stimulus
hrf = helperfunction;

% convolve to get the predicted response to the desired stimulus duration
trold = 0.1;
hrf = conv(hrf,ones(1,max(1,round(duration/trold))));

% resample to desired TR
hrf = interp1((0:length(hrf)-1)*trold,hrf,0:tr:(length(hrf)-1)*trold,'pchip');

% make the peak equal to one
hrf = hrf / max(hrf);

%%%%%

function hrf = helperfunction()

hrf = [0;5.34e-06;3.55e-05;0.000104;0.00022;0.000388;0.00061;0.000886;0.00122;0.00159;0.00202;0.00249;0.003;0.00354;0.00411;0.00471;0.00533;0.00596;0.0066;0.00725;0.0079;0.00855;0.0092;0.00984;0.0105;0.0111;0.0117;0.0122;0.0128;0.0133;0.0138;0.0143;0.0148;0.0152;0.0156;0.016;0.0163;0.0166;0.0169;0.0171;0.0174;0.0176;0.0177;0.0179;0.018;0.0181;0.0181;0.0181;0.0182;0.0181;0.0181;0.018;0.018;0.0178;0.0177;0.0176;0.0174;0.0173;0.0171;0.0169;0.0167;0.0164;0.0162;0.0159;0.0157;0.0154;0.0151;0.0148;0.0146;0.0143;0.014;0.0136;0.0133;0.013;0.0127;0.0124;0.0121;0.0118;0.0114;0.0111;0.0108;0.0105;0.0102;0.00985;0.00954;0.00923;0.00893;0.00862;0.00832;0.00803;0.00773;0.00744;0.00716;0.00688;0.0066;0.00633;0.00607;0.00581;0.00555;0.0053;0.00505;0.00481;0.00458;0.00435;0.00412;0.0039;0.00369;0.00348;0.00328;0.00308;0.00289;0.0027;0.00252;0.00234;0.00217;0.002;0.00184;0.00168;0.00153;0.00139;0.00124;0.00111;0.000974;0.000846;0.000722;0.000603;0.000488;0.000377;0.000271;0.000168;6.96e-05;-2.51e-05;-0.000116;-0.000203;-0.000287;-0.000367;-0.000443;-0.000516;-0.000586;-0.000653;-0.000716;-0.000777;-0.000835;-0.00089;-0.000942;-0.000991;-0.00104;-0.00108;-0.00112;-0.00116;-0.0012;-0.00123;-0.00127;-0.0013;-0.00133;-0.00135;-0.00138;-0.0014;-0.00142;-0.00144;-0.00146;-0.00147;-0.00149;-0.0015;-0.00151;-0.00152;-0.00153;-0.00154;-0.00155;-0.00155;-0.00156;-0.00156;-0.00156;-0.00156;-0.00157;-0.00156;-0.00156;-0.00156;-0.00156;-0.00155;-0.00155;-0.00154;-0.00154;-0.00153;-0.00153;-0.00152;-0.00151;-0.0015;-0.00149;-0.00148;-0.00147;-0.00146;-0.00145;-0.00144;-0.00143;-0.00142;-0.00141;-0.0014;-0.00138;-0.00137;-0.00136;-0.00135;-0.00133;-0.00132;-0.00131;-0.00129;-0.00128;-0.00127;-0.00125;-0.00124;-0.00122;-0.00121;-0.0012;-0.00118;-0.00117;-0.00115;-0.00114;-0.00113;-0.00111;-0.0011;-0.00108;-0.00107;-0.00106;-0.00104;-0.00103;-0.00101;-0.001;-0.000987;-0.000973;-0.00096;-0.000947;-0.000933;-0.00092;-0.000907;-0.000894;-0.000881;-0.000868;-0.000855;-0.000843;-0.00083;-0.000818;-0.000805;-0.000793;-0.000781;-0.000769;-0.000758;-0.000746;-0.000734;-0.000723;-0.000711;-0.0007;-0.000689;-0.000678;-0.000667;-0.000657;-0.000646;-0.000636;-0.000625;-0.000615;-0.000605;-0.000595;-0.000585;-0.000576;-0.000566;-0.000557;-0.000547;-0.000538;-0.000529;-0.00052;-0.000511;-0.000503;-0.000494;-0.000486;-0.000477;-0.000469;-0.000461;-0.000453;-0.000445;-0.000438;-0.00043;-0.000422;-0.000415;-0.000408;-0.000401;-0.000393;-0.000387;-0.00038;-0.000373;-0.000366;-0.00036;-0.000353;-0.000347;-0.000341;-0.000335;-0.000329;-0.000323;-0.000317;-0.000311;-0.000305;-0.0003;-0.000294;-0.000289;-0.000284;-0.000278;-0.000273;-0.000268;-0.000263;-0.000258;-0.000254;-0.000249;-0.000244;-0.00024;-0.000235;-0.000231;-0.000226;-0.000222;-0.000218;-0.000214;-0.00021;-0.000206;-0.000202;-0.000198;-0.000194;-0.000191;-0.000187;-0.000184;-0.00018;-0.000177;-0.000173;-0.00017;-0.000167;-0.000163;-0.00016;-0.000157;-0.000154;-0.000151;-0.000148;-0.000145;-0.000143;-0.00014;-0.000137;-0.000134;-0.000132;-0.000129;-0.000127;-0.000124;-0.000122;-0.000119;-0.000117;-0.000115;-0.000113;-0.00011;-0.000108;-0.000106;-0.000104;-0.000102;-9.99e-05;-9.79e-05;-9.6e-05;-9.41e-05;-9.22e-05;-9.04e-05;-8.86e-05;-8.68e-05;-8.51e-05;-8.34e-05;-8.17e-05;-8.01e-05;-7.85e-05;-7.69e-05;-7.54e-05;-7.39e-05;-7.24e-05;-7.09e-05;-6.95e-05;-6.81e-05;-6.67e-05;-6.54e-05;-6.4e-05;-6.28e-05;-6.15e-05;-6.02e-05;-5.9e-05;-5.78e-05;-5.66e-05;-5.55e-05;-5.44e-05;-5.33e-05;-5.22e-05;-5.11e-05;-5.01e-05;-4.9e-05;-4.8e-05;-4.71e-05;-4.61e-05;-4.52e-05;-4.42e-05;-4.33e-05;-4.24e-05;-4.16e-05;-4.07e-05;-3.99e-05;-3.91e-05;-3.82e-05;-3.75e-05;-3.67e-05;-3.59e-05;-3.52e-05;-3.45e-05;-3.37e-05;-3.3e-05;-3.24e-05;-3.17e-05;-3.1e-05;-3.04e-05;-2.98e-05;-2.91e-05;-2.85e-05;-2.79e-05;-2.74e-05;-2.68e-05;-2.62e-05;-2.57e-05;-2.51e-05;-2.46e-05;-2.41e-05;-2.36e-05;-2.31e-05;-2.26e-05;-2.21e-05;-2.17e-05;-2.12e-05;-2.08e-05;-2.03e-05;-1.99e-05;-1.95e-05;-1.91e-05;-1.87e-05;-1.83e-05;-1.79e-05;-1.75e-05;-1.72e-05;-1.68e-05;-1.64e-05;-1.61e-05;-1.58e-05;-1.54e-05;-1.51e-05;-1.48e-05;-1.45e-05;-1.42e-05;-1.38e-05;-1.36e-05;-1.33e-05;-1.3e-05;-1.27e-05;-1.24e-05;-1.22e-05;-1.19e-05;-1.17e-05;-1.14e-05;-1.12e-05;-1.09e-05;-1.07e-05;-1.05e-05;-1.02e-05;-1e-05;-9.81e-06;-9.6e-06;-9.39e-06;-9.19e-06;-8.99e-06;-8.8e-06;-8.61e-06;-8.43e-06;-8.25e-06;-8.07e-06;-7.89e-06;-7.72e-06;-7.56e-06;-7.39e-06;-7.24e-06;-7.08e-06;-6.93e-06;-6.78e-06;-6.63e-06;-6.49e-06;-6.35e-06;-6.21e-06;-6.08e-06]';