Browse Source

all relevant code

arefks 5 months ago
parent
commit
0f08f00e69
55 changed files with 55 additions and 0 deletions
  1. 1 0
      code/AIDAqc_Code/CONTRIBUTING.md
  2. 1 0
      code/AIDAqc_Code/LICENSE
  3. 1 0
      code/AIDAqc_Code/README.md
  4. 1 0
      code/AIDAqc_Code/docs/AIDA_Logo.png
  5. 1 0
      code/AIDAqc_Code/docs/AIDA_Logo_wide.001.png
  6. 1 0
      code/AIDAqc_Code/docs/AIDAqc_Poster_Summary.pdf
  7. 1 0
      code/AIDAqc_Code/docs/AIDAqc_v2_1.pdf
  8. 1 0
      code/AIDAqc_Code/docs/AIDAqc_workflow.png
  9. 1 0
      code/AIDAqc_Code/requirements.txt
  10. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/FeatureCheck.py
  11. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/MI.py
  12. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/P2_IDLt2_mapping.py
  13. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/ParsingData.py
  14. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/QC.py
  15. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/changSNR.py
  16. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/dict2xml.py
  17. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/pv_conv2Nifti.py
  18. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/pv_parseBruker_md_np.py
  19. 1 0
      code/AIDAqc_Code/scripts/pv_parser.py
  20. 1 0
      code/CHANGELOG.txt
  21. 1 0
      code/Figures/AnatallDataMergew.py
  22. 1 0
      code/Figures/BarPlot_accuracy.py
  23. 1 0
      code/Figures/CSVplot.py
  24. 1 0
      code/Figures/ChangvsSNR.py
  25. 1 0
      code/Figures/ChangvsStandardSNR.py
  26. 1 0
      code/Figures/ChangvsStandardSNR_Seperated.py
  27. 1 0
      code/Figures/CompareVotes.py
  28. 1 0
      code/Figures/ConfusionBoxplot.py
  29. 1 0
      code/Figures/ConfusionMatrix.py
  30. 1 0
      code/Figures/ConfusionMatrix_getter.py
  31. 1 0
      code/Figures/Confusionplot.py
  32. 1 0
      code/Figures/Confusionplot_new.py
  33. 1 0
      code/Figures/CorroloationDTISNR_SNR.py
  34. 1 0
      code/Figures/CorroloationTSNR_SNR.py
  35. 1 0
      code/Figures/CreatBadFolderqc.py
  36. 1 0
      code/Figures/FuncAllDataMerge.py
  37. 1 0
      code/Figures/GhostingPlots.py
  38. 1 0
      code/Figures/HeatMaps_Accuracy.py
  39. 1 0
      code/Figures/HeatMaps_Sensitivity.py
  40. 1 0
      code/Figures/HighVSLowMotion.py
  41. 1 0
      code/Figures/MergeAllManualRaters.py
  42. 1 0
      code/Figures/MergeAllVoitings.py
  43. 1 0
      code/Figures/MutualInfoPlot.py
  44. 1 0
      code/Figures/PieCharts.py
  45. 1 0
      code/Figures/ROCcurve.py
  46. 1 0
      code/Figures/ResoPlot.py
  47. 1 0
      code/Figures/ResoPlotAll.py
  48. 1 0
      code/Figures/SameFSdifferentVS.py
  49. 1 0
      code/Figures/SameVSdifferentFS.py
  50. 1 0
      code/Figures/StructuralAllDataMerge.py
  51. 1 0
      code/Figures/ViolinPlots.py
  52. 1 0
      code/Figures/fleissKappa_HumanRaters.py
  53. 1 0
      code/Figures/fleissKappa_MLraters.py
  54. 1 0
      code/Figures/tSNRWorstVSBest.py
  55. 1 0
      code/RunAllDatasets/datasets_all.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/CONTRIBUTING.md

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/Mw/M9/MD5E-s766--113e3e0d125d9ee80e7a6eb626a627cb.md/MD5E-s766--113e3e0d125d9ee80e7a6eb626a627cb.md

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/LICENSE

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/zK/Qv/MD5E-s35823--e62637ea8a114355b985fd86c9ffbd6e/MD5E-s35823--e62637ea8a114355b985fd86c9ffbd6e

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/README.md

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/0F/4P/MD5E-s2028--bba6beabfe21319d8f8c7eefa6e30d14.md/MD5E-s2028--bba6beabfe21319d8f8c7eefa6e30d14.md

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/docs/AIDA_Logo.png

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/wj/zQ/MD5E-s1607060--ee1c604a018e48d250e610b057a9d424.png/MD5E-s1607060--ee1c604a018e48d250e610b057a9d424.png

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/docs/AIDA_Logo_wide.001.png

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/M4/Wg/MD5E-s318799--f1b2f68abd183d0c92c78606c739c529.001.png/MD5E-s318799--f1b2f68abd183d0c92c78606c739c529.001.png

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/docs/AIDAqc_Poster_Summary.pdf

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/4q/4g/MD5E-s1294413--5bc5f40c36f18b1d522c9f69517c119f.pdf/MD5E-s1294413--5bc5f40c36f18b1d522c9f69517c119f.pdf

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/docs/AIDAqc_v2_1.pdf

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/XM/px/MD5E-s2112567--34b4c8e1ffba8b5fc57781d4a031aeb3.pdf/MD5E-s2112567--34b4c8e1ffba8b5fc57781d4a031aeb3.pdf

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/docs/AIDAqc_workflow.png

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/5f/Pv/MD5E-s262337--6f1d8cd9d35a382637cfe2f406f50ce4.png/MD5E-s262337--6f1d8cd9d35a382637cfe2f406f50ce4.png

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/requirements.txt

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/5w/1P/MD5E-s200--c2149802707d30a64d769137d7a746c2.txt/MD5E-s200--c2149802707d30a64d769137d7a746c2.txt

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/FeatureCheck.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/X3/j7/MD5E-s19475--73022df8cd57e28b9da06a9336ae6581.py/MD5E-s19475--73022df8cd57e28b9da06a9336ae6581.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/MI.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/g2/Jv/MD5E-s1047--ee7f682f1d2a4dd44ec23acb15e4b548.py/MD5E-s1047--ee7f682f1d2a4dd44ec23acb15e4b548.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/P2_IDLt2_mapping.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/mf/52/MD5E-s13003--4ff5d90914f4267134fa673d4ba5378a.py/MD5E-s13003--4ff5d90914f4267134fa673d4ba5378a.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/ParsingData.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/PK/9q/MD5E-s15660--e241fabb0099ab10f413de52c54ece10.py/MD5E-s15660--e241fabb0099ab10f413de52c54ece10.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/QC.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/wF/X1/MD5E-s27000--5de4c5a3968fc361cfb4768d694a9b9b.py/MD5E-s27000--5de4c5a3968fc361cfb4768d694a9b9b.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/changSNR.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/G4/zv/MD5E-s2031--5df6823aa354756daf3e6f1204cfc468.py/MD5E-s2031--5df6823aa354756daf3e6f1204cfc468.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/dict2xml.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/53/J5/MD5E-s2557--e8e39ed39616caaf5ee771b2578c9a7e.py/MD5E-s2557--e8e39ed39616caaf5ee771b2578c9a7e.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/pv_conv2Nifti.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/pz/4p/MD5E-s11926--7cd7a7af12acb3ac0dcfe2d9d2cb5d29.py/MD5E-s11926--7cd7a7af12acb3ac0dcfe2d9d2cb5d29.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/pv_parseBruker_md_np.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/k3/v1/MD5E-s12685--afdfdd703129c1232eabed7bb1ae7b94.py/MD5E-s12685--afdfdd703129c1232eabed7bb1ae7b94.py

+ 1 - 0
code/AIDAqc_Code/scripts/pv_parser.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../../.git/annex/objects/Xx/2Z/MD5E-s13649--6f27af4210473365a44abfae9a0203f3.py/MD5E-s13649--6f27af4210473365a44abfae9a0203f3.py

+ 1 - 0
code/CHANGELOG.txt

@@ -0,0 +1 @@
+../.git/annex/objects/fx/v3/MD5E-s170--d3a4ab1e564420384f090e72e8d6714f.txt/MD5E-s170--d3a4ab1e564420384f090e72e8d6714f.txt

+ 1 - 0
code/Figures/AnatallDataMergew.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/3Z/gV/MD5E-s1992--79bd7955a420931d6f0f9066096a7a39.py/MD5E-s1992--79bd7955a420931d6f0f9066096a7a39.py

+ 1 - 0
code/Figures/BarPlot_accuracy.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/KJ/54/MD5E-s6839--2c440536354eded3a871f106f4fadc63.py/MD5E-s6839--2c440536354eded3a871f106f4fadc63.py

+ 1 - 0
code/Figures/CSVplot.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/ZQ/V5/MD5E-s10155--152615b989dba8916ebd1b9fe94a6d38.py/MD5E-s10155--152615b989dba8916ebd1b9fe94a6d38.py

+ 1 - 0
code/Figures/ChangvsSNR.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/MM/m6/MD5E-s2826--45814f0f9a706e004ff90f9c40c62a67.py/MD5E-s2826--45814f0f9a706e004ff90f9c40c62a67.py

+ 1 - 0
code/Figures/ChangvsStandardSNR.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/Pv/f0/MD5E-s3520--7395420b6232ebc1c074fd33f072903b.py/MD5E-s3520--7395420b6232ebc1c074fd33f072903b.py

+ 1 - 0
code/Figures/ChangvsStandardSNR_Seperated.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/9j/4K/MD5E-s3619--ec30496522b6658b0712797e3ab5eea4.py/MD5E-s3619--ec30496522b6658b0712797e3ab5eea4.py

+ 1 - 0
code/Figures/CompareVotes.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/pM/Mq/MD5E-s2017--898589da33801f6293b32a1862095983.py/MD5E-s2017--898589da33801f6293b32a1862095983.py

+ 1 - 0
code/Figures/ConfusionBoxplot.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/j5/5G/MD5E-s8526--83cf64022a43e46cf168464c8e83f909.py/MD5E-s8526--83cf64022a43e46cf168464c8e83f909.py

+ 1 - 0
code/Figures/ConfusionMatrix.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/vk/4F/MD5E-s8145--e51ec59ca4e9b208597bd845e0473eee.py/MD5E-s8145--e51ec59ca4e9b208597bd845e0473eee.py

+ 1 - 0
code/Figures/ConfusionMatrix_getter.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/vZ/7K/MD5E-s7673--c081b0ec1bb118c48b1e841c87fa3ec0.py/MD5E-s7673--c081b0ec1bb118c48b1e841c87fa3ec0.py

+ 1 - 0
code/Figures/Confusionplot.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/fP/8j/MD5E-s7230--7264ed2a81b10d148d986e2d7b9f91c0.py/MD5E-s7230--7264ed2a81b10d148d986e2d7b9f91c0.py

+ 1 - 0
code/Figures/Confusionplot_new.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/Zj/K1/MD5E-s8971--c97f305fbdd2fb1d33754d154bab7e4a.py/MD5E-s8971--c97f305fbdd2fb1d33754d154bab7e4a.py

+ 1 - 0
code/Figures/CorroloationDTISNR_SNR.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/pV/Q8/MD5E-s4137--a489e6f5936bf20c484423aff1271d07.py/MD5E-s4137--a489e6f5936bf20c484423aff1271d07.py

+ 1 - 0
code/Figures/CorroloationTSNR_SNR.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/Wq/Km/MD5E-s4641--5bf8ef00ebe79b62132c5e8a10269f66.py/MD5E-s4641--5bf8ef00ebe79b62132c5e8a10269f66.py

+ 1 - 0
code/Figures/CreatBadFolderqc.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/2g/P3/MD5E-s1852--5b98cd3ac0b2122e0fda3365b70e5aa1.py/MD5E-s1852--5b98cd3ac0b2122e0fda3365b70e5aa1.py

+ 1 - 0
code/Figures/FuncAllDataMerge.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/7K/6F/MD5E-s2439--56e9129387e3f56c3e324a055f1f30a0.py/MD5E-s2439--56e9129387e3f56c3e324a055f1f30a0.py

+ 1 - 0
code/Figures/GhostingPlots.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/Vq/kx/MD5E-s3780--2ccf7650441ddf22f5487545b1f4051c.py/MD5E-s3780--2ccf7650441ddf22f5487545b1f4051c.py

+ 1 - 0
code/Figures/HeatMaps_Accuracy.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/fk/q4/MD5E-s7095--9b9839c9abe4d95a4a602f3f35cc0f4b.py/MD5E-s7095--9b9839c9abe4d95a4a602f3f35cc0f4b.py

+ 1 - 0
code/Figures/HeatMaps_Sensitivity.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/4Z/mG/MD5E-s7019--b8915c83bba8e65cd4e5ab0310db1b8d.py/MD5E-s7019--b8915c83bba8e65cd4e5ab0310db1b8d.py

+ 1 - 0
code/Figures/HighVSLowMotion.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/mk/1G/MD5E-s2899--b7172b66dc9e797f79ff27225a648d21.py/MD5E-s2899--b7172b66dc9e797f79ff27225a648d21.py

+ 1 - 0
code/Figures/MergeAllManualRaters.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/Q9/2x/MD5E-s3655--60029ac6b18f3a6a1f34a75f84bc1b68.py/MD5E-s3655--60029ac6b18f3a6a1f34a75f84bc1b68.py

+ 1 - 0
code/Figures/MergeAllVoitings.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/VF/jJ/MD5E-s1836--eb6005d65847066aec72ebf0675ce87c.py/MD5E-s1836--eb6005d65847066aec72ebf0675ce87c.py

+ 1 - 0
code/Figures/MutualInfoPlot.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/1Z/50/MD5E-s2392--2aa87803e648cfe965d973824e7b2168.py/MD5E-s2392--2aa87803e648cfe965d973824e7b2168.py

+ 1 - 0
code/Figures/PieCharts.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/4P/1Z/MD5E-s2612--ad6fc2116d8f3b7f0b66c9a09c771c0b.py/MD5E-s2612--ad6fc2116d8f3b7f0b66c9a09c771c0b.py

+ 1 - 0
code/Figures/ROCcurve.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/32/zq/MD5E-s6120--055d43f5cfd9e72758cbbff922537aff.py/MD5E-s6120--055d43f5cfd9e72758cbbff922537aff.py

+ 1 - 0
code/Figures/ResoPlot.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/g7/J6/MD5E-s8088--9f0cf1d87edacb9f013122f8310037a8.py/MD5E-s8088--9f0cf1d87edacb9f013122f8310037a8.py

+ 1 - 0
code/Figures/ResoPlotAll.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/PJ/XJ/MD5E-s7972--fd9686c86379e5059d5f3553df26de43.py/MD5E-s7972--fd9686c86379e5059d5f3553df26de43.py

+ 1 - 0
code/Figures/SameFSdifferentVS.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/kK/pV/MD5E-s9785--33e48cad0b796982c25dbd84b31ed5e9.py/MD5E-s9785--33e48cad0b796982c25dbd84b31ed5e9.py

+ 1 - 0
code/Figures/SameVSdifferentFS.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/Ff/0Z/MD5E-s9787--0fd867ef2a3363972220427e1ac5777a.py/MD5E-s9787--0fd867ef2a3363972220427e1ac5777a.py

+ 1 - 0
code/Figures/StructuralAllDataMerge.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/7Q/P7/MD5E-s2176--d5d44b95e13b6d7fed9da04513ab6d7b.py/MD5E-s2176--d5d44b95e13b6d7fed9da04513ab6d7b.py

+ 1 - 0
code/Figures/ViolinPlots.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/qK/0p/MD5E-s8756--1bef075c3691a9717a54244ec374a209.py/MD5E-s8756--1bef075c3691a9717a54244ec374a209.py

+ 1 - 0
code/Figures/fleissKappa_HumanRaters.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/p1/W1/MD5E-s5268--2e88a404bbf4063c8b4a29fdfd72b0c8.py/MD5E-s5268--2e88a404bbf4063c8b4a29fdfd72b0c8.py

+ 1 - 0
code/Figures/fleissKappa_MLraters.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/pP/81/MD5E-s5419--70cda7bfdf4547827504c1d2efbd3f7c.py/MD5E-s5419--70cda7bfdf4547827504c1d2efbd3f7c.py

+ 1 - 0
code/Figures/tSNRWorstVSBest.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/32/w0/MD5E-s2974--9f72387cc24d1611d6033036ef60bef3.py/MD5E-s2974--9f72387cc24d1611d6033036ef60bef3.py

+ 1 - 0
code/RunAllDatasets/datasets_all.py

@@ -0,0 +1 @@
+../../.git/annex/objects/q1/Pj/MD5E-s1158--ce257a612fe8c76c53410434cebe96a0.py/MD5E-s1158--ce257a612fe8c76c53410434cebe96a0.py