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@@ -0,0 +1,556 @@
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+```
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+.\
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+│
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+├── custom_epitran_files\
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+# custom mapping files used for the phonological analysis in supp mat
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+│ ├── deu-Latn-nar_custom.csv
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+│ └── deu-Latn-nar_custom.txt
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+|
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+├── eeg\
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+# raw EEG in BIDS format will be stored in here
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+│ └── download_raw_eeg.sh # script that uses curl to download the BIDS repository
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+│
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+├── env\
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+# .yml files for the conda environments (files prefixed with -vague give general requirements but are less constrained)
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+│ ├── environment-mne-vague.yml
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|
+│ ├── environment-mne.yml
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|
+│ ├── environment-r-vague.yml
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|
+│ ├── environment-r.yml
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|
+│ ├── environment-rdms-vague.yml
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|
+│ └── environment-rdms.yml
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|
+│
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+├── epo\
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+# preprocessed epoch files from 02_preprocessing.py
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+│ ├── sub-01-epo.fif
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|
+│ ├── sub-02-epo.fif
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|
+│ ├── sub-03-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-04-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-06-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-07-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-08-epo.fif
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|
|
+│ ├── sub-09-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-10-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-11-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-12-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-13-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-14-epo.fif
|
|
|
+│ ├── sub-15-epo.fif
|
|
|
+│ └── sub-16-epo.fif
|
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|
+│
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+├── estimates\
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+# .rds files for estimates and posterior samples (draws) saved from Bayesian models
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+│ ├── ANNs_p1_draws.rds
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+│ ├── ANNs_poi_draws.rds
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|
+│ ├── ANNs_time_resolved.rds
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|
+│ ├── controls_all_chs_cor_samps_long.rds
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|
+│ ├── controls_all_chs_timecourse.rds
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|
|
+│ ├── controls_cor_samps_long.rds
|
|
|
+│ ├── controls_timecourse.rds
|
|
|
+│ ├── jacc_geom_p1_draws.rds
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|
+│ ├── jacc_geom_poi_draws.rds
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|
+│ ├── jacc_geom_time_resolved.rds
|
|
|
+│ ├── ot_geom_p1_draws.rds
|
|
|
+│ ├── ot_geom_poi_draws.rds
|
|
|
+│ ├── ot_geom_time_resolved.rds
|
|
|
+│ ├── planned_timecourse.rds
|
|
|
+│ ├── prereg_cor_samps_long.rds
|
|
|
+│ └── sensitivity_lkj_prior.rds
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|
+│
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|
+├── fig\
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|
+# contains all figures
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|
+│ │
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|
+│ ├── ica\
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+│ │ ├── ica_Hz_100_example.pdf
|
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|
+│ │ ├── ica_Hz_40_example.pdf
|
|
|
+│ │ ├── ica_Hz_example_impact.pdf
|
|
|
+│ │ ├── ica_N_32_example.pdf
|
|
|
+│ │ ├── ica_N_64_example.pdf
|
|
|
+│ │ └── ica_N_example_impact.pdf
|
|
|
+│ │
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|
|
+│ ├── optimisation_illustration\
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|
|
+│ │ ├── j_example_0.svg
|
|
|
+│ │ ├── j_example_1.svg
|
|
|
+│ │ ├── j_example_2.svg
|
|
|
+│ │ ├── j_example_3.svg
|
|
|
+│ │ ├── j_example_4.svg
|
|
|
+│ │ ├── mats_jacc.svg
|
|
|
+│ │ ├── mats_ot.svg
|
|
|
+│ │ ├── optimisation_illustration.png
|
|
|
+│ │ ├── optimisation_illustration.svg
|
|
|
+│ │ ├── spaces.svg
|
|
|
+│ │ ├── w_example_0.svg
|
|
|
+│ │ ├── w_example_1.svg
|
|
|
+│ │ ├── w_example_2.svg
|
|
|
+│ │ ├── w_example_3.svg
|
|
|
+│ │ └── w_example_4.svg
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── pattern_examples\
|
|
|
+│ │ ├── a.svg
|
|
|
+│ │ ├── b.svg
|
|
|
+│ │ ├── c.svg
|
|
|
+│ │ ├── colorbar.svg
|
|
|
+│ │ ├── d.svg
|
|
|
+│ │ ├── e.svg
|
|
|
+│ │ ├── f.svg
|
|
|
+│ │ ├── g.svg
|
|
|
+│ │ ├── h.svg
|
|
|
+│ │ ├── i.svg
|
|
|
+│ │ ├── j.svg
|
|
|
+│ │ ├── k.svg
|
|
|
+│ │ ├── l.svg
|
|
|
+│ │ ├── m.svg
|
|
|
+│ │ ├── n.svg
|
|
|
+│ │ ├── o.svg
|
|
|
+│ │ ├── p.svg
|
|
|
+│ │ ├── q.svg
|
|
|
+│ │ ├── r.svg
|
|
|
+│ │ ├── s.svg
|
|
|
+│ │ ├── t.svg
|
|
|
+│ │ ├── u.svg
|
|
|
+│ │ ├── v.svg
|
|
|
+│ │ ├── w.svg
|
|
|
+│ │ ├── x.svg
|
|
|
+│ │ ├── y.svg
|
|
|
+│ │ ├── z.svg
|
|
|
+│ │ ├── ß.svg
|
|
|
+│ │ ├── ä.svg
|
|
|
+│ │ ├── ö.svg
|
|
|
+│ │ └── ü.svg
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── rank_rdm_examples\
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|
|
+│ │ ├── colorbar.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_0.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_1.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_10.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_11.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_12.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_13.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_14.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_2.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_3.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_4.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_5.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_6.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_7.svg
|
|
|
+│ │ ├── rank_rdm_8.svg
|
|
|
+│ │ └── rank_rdm_9.svg
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── rdm_examples\
|
|
|
+│ │ ├── colorbar.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_0.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_1.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_10.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_11.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_12.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_13.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_14.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_2.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_3.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_4.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_5.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_6.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_7.svg
|
|
|
+│ │ ├── rdm_8.svg
|
|
|
+│ │ └── rdm_9.svg
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── ANN_joined.pdf
|
|
|
+│ ├── ANN_joined.png
|
|
|
+│ ├── ERP.svg
|
|
|
+│ ├── RDM_illustration.pdf
|
|
|
+│ ├── RDM_illustration.svg
|
|
|
+│ ├── avg_neural_rdm.png
|
|
|
+│ ├── channels.pdf
|
|
|
+│ ├── controls.pdf
|
|
|
+│ ├── controls.png
|
|
|
+│ ├── illustrate_controls.pdf
|
|
|
+│ ├── illustrate_controls.png
|
|
|
+│ ├── intro_jaccard_examples.pdf
|
|
|
+│ ├── intro_jaccard_examples.png
|
|
|
+│ ├── intro_jaccard_examples.svg
|
|
|
+│ ├── intro_ot_examples.pdf
|
|
|
+│ ├── intro_ot_examples.png
|
|
|
+│ ├── intro_stim_rdms.pdf
|
|
|
+│ ├── intro_stim_rdms.png
|
|
|
+│ ├── intro_stim_rdms.svg
|
|
|
+│ ├── intro_stim_rdms_plus_ot_illustration.pdf
|
|
|
+│ ├── intro_stim_rdms_plus_ot_illustration.svg
|
|
|
+│ ├── intro_stim_rdms_rank_only.pdf
|
|
|
+│ ├── intro_stim_rdms_rank_only.png
|
|
|
+│ ├── jacc_ot_geom_poi_joined.pdf
|
|
|
+│ ├── jacc_ot_geom_poi_joined.png
|
|
|
+│ ├── jacc_ot_geom_poi_p1_joined.pdf
|
|
|
+│ ├── jacc_ot_geom_poi_p1_joined.png
|
|
|
+│ ├── main_analysis.pdf
|
|
|
+│ ├── main_analysis.svg
|
|
|
+│ ├── model_rdm_jacc.png
|
|
|
+│ ├── model_rdm_ot.png
|
|
|
+│ ├── neural_rdm.png
|
|
|
+│ ├── posterior_poi_partial.pdf
|
|
|
+│ ├── posterior_poi_partial.png
|
|
|
+│ ├── posterior_poi_partial.svg
|
|
|
+│ ├── sensitivity_analysis.pdf
|
|
|
+│ ├── sensitivity_analysis.png
|
|
|
+│ ├── tc_joined_CrI.pdf
|
|
|
+│ ├── tc_joined_CrI.png
|
|
|
+│ ├── tc_joined_CrI.svg
|
|
|
+│ └── tc_joined_CrI_bf.pdf
|
|
|
+│
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|
|
+├── fig_code\
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|
|
+# code used to generate figures in the fig/ directory
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|
+│ ├── 99_estimate_spaces.py
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|
|
+│ ├── 99_estimate_spaces_illustrate.py
|
|
|
+│ ├── 99_estimate_spaces_jaccard.npy
|
|
|
+│ ├── 99_estimate_spaces_wasserstein.npy
|
|
|
+│ ├── 99_illustrate_control_rdms.py
|
|
|
+│ ├── 99_jaccard_distance_figure.py
|
|
|
+│ ├── 99_make_all_ggplots.R
|
|
|
+│ ├── 99_optimal_transport_figure.py
|
|
|
+│ ├── 99_plot_ica_N_change_examples.py
|
|
|
+│ ├── 99_plot_ica_filter_change_examples.py
|
|
|
+│ ├── 99_rdms_corr.py
|
|
|
+│ ├── ggplot2_theme.R
|
|
|
+│ └── mpl_setup_fonts.py
|
|
|
+│
|
|
|
+├── noise_ceiling\
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|
|
+# noise ceiling estimates output by 03_get_neural_rdms.py
|
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|
+│ ├── noise_ceiling_p1.csv
|
|
|
+│ ├── noise_ceiling_poi.csv
|
|
|
+│ ├── noise_ceiling_poi_all_chs.csv
|
|
|
+│ ├── noise_ceiling_time.csv
|
|
|
+│ └── noise_ceiling_time_all_chs.csv
|
|
|
+│
|
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|
+├── rdm_data\
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|
+# per-paricipant neural dissimilarity matrices (RDMs) output by 03_get_neural_rdms.py
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|
+│ │
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|
+│ ├── p1_period\
|
|
|
+│ │ ├── sub-01.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-02.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-03.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-04.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-06.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-07.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-08.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-09.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-10.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-11.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-12.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-13.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-14.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-15.csv
|
|
|
+│ │ └── sub-16.csv
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── period_of_interest\
|
|
|
+│ │ ├── sub-01.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-02.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-03.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-04.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-06.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-07.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-08.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-09.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-10.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-11.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-12.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-13.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-14.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-15.csv
|
|
|
+│ │ └── sub-16.csv
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── period_of_interest_all_chs\
|
|
|
+│ │ ├── sub-01.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-02.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-03.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-04.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-06.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-07.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-08.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-09.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-10.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-11.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-12.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-13.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-14.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-15.csv
|
|
|
+│ │ └── sub-16.csv
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── time_resolved\
|
|
|
+│ │ ├── sub-01.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-02.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-03.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-04.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-06.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-07.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-08.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-09.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-10.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-11.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-12.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-13.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-14.csv
|
|
|
+│ │ ├── sub-15.csv
|
|
|
+│ │ └── sub-16.csv
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ └── time_resolved_all_chs\
|
|
|
+│ ├── sub-01.csv
|
|
|
+│ ├── sub-02.csv
|
|
|
+│ ├── sub-03.csv
|
|
|
+│ ├── sub-04.csv
|
|
|
+│ ├── sub-06.csv
|
|
|
+│ ├── sub-07.csv
|
|
|
+│ ├── sub-08.csv
|
|
|
+│ ├── sub-09.csv
|
|
|
+│ ├── sub-10.csv
|
|
|
+│ ├── sub-11.csv
|
|
|
+│ ├── sub-12.csv
|
|
|
+│ ├── sub-13.csv
|
|
|
+│ ├── sub-14.csv
|
|
|
+│ ├── sub-15.csv
|
|
|
+│ └── sub-16.csv
|
|
|
+│
|
|
|
+│
|
|
|
+├── scold\
|
|
|
+# custom python functions used to calculate model RDMs
|
|
|
+│ ├── arr_sim.py
|
|
|
+│ ├── bubbles.py
|
|
|
+│ ├── draw.py
|
|
|
+│ ├── phase.py
|
|
|
+│ ├── rumelhart.py
|
|
|
+│ ├── string_sim.py
|
|
|
+│ ├── text_arr_sim.py
|
|
|
+│ ├── text_arr_sim_wasserstein.py
|
|
|
+│ └── utils.py
|
|
|
+│
|
|
|
+├── stim_sim\
|
|
|
+# model RDMs output by 00_get_orth_model_rdms.py and 01_get_corpus_model_rdms.py
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── ANNs\
|
|
|
+│ │ │
|
|
|
+│ │ ├── cornet-z_imagenet\
|
|
|
+│ │ │ ├── IT.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── IT.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── V1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── V1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── V2.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── V2.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── V4.csv
|
|
|
+│ │ │ └── V4.npy
|
|
|
+│ │ │
|
|
|
+│ │ ├── cornet-z_imagenet_letters\
|
|
|
+│ │ │ ├── IT.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── IT.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── V1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── V1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── V2.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── V2.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── V4.csv
|
|
|
+│ │ │ └── V4.npy
|
|
|
+│ │ │
|
|
|
+│ │ ├── cornet-z_letters\
|
|
|
+│ │ │ ├── IT.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── IT.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── V1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── V1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── V2.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── V2.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── V4.csv
|
|
|
+│ │ │ └── V4.npy
|
|
|
+│ │ │
|
|
|
+│ │ ├── resnet50_imagenet\
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.0.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.0.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.2.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.2.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.0.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.0.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.2.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.2.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.3.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.3.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.0.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.0.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.2.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.2.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.3.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.3.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.4.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.4.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.5.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.5.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.0.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.0.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.2.csv
|
|
|
+│ │ │ └── layer4.2.npy
|
|
|
+│ │ │
|
|
|
+│ │ ├── resnet50_imagenet_letters\
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.0.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.0.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.2.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer1.2.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.0.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.0.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.2.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.2.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.3.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer2.3.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.0.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.0.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.2.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.2.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.3.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.3.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.4.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.4.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.5.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer3.5.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.0.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.0.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.1.csv
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.1.npy
|
|
|
+│ │ │ ├── layer4.2.csv
|
|
|
+│ │ │ └── layer4.2.npy
|
|
|
+│ │ │
|
|
|
+│ │ └── resnet50_letters\
|
|
|
+│ │ ├── layer1.0.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer1.0.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer1.1.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer1.1.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer1.2.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer1.2.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer2.0.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer2.0.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer2.1.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer2.1.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer2.2.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer2.2.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer2.3.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer2.3.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer3.0.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer3.0.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer3.1.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer3.1.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer3.2.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer3.2.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer3.3.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer3.3.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer3.4.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer3.4.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer3.5.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer3.5.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer4.0.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer4.0.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer4.1.csv
|
|
|
+│ │ ├── layer4.1.npy
|
|
|
+│ │ ├── layer4.2.csv
|
|
|
+│ │ └── layer4.2.npy
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── complexity\
|
|
|
+│ │ ├── complexity.csv
|
|
|
+│ │ ├── complexity.npy
|
|
|
+│ │ └── complexity_features.csv
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── frequency\
|
|
|
+│ │ ├── frequency.csv
|
|
|
+│ │ ├── frequency.npy
|
|
|
+│ │ └── frequency_features.csv
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── jacc_geom\
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T0_S0_R0_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T0_S0_R0_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T0_S0_R1_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T0_S0_R1_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T0_S1_R0_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T0_S1_R0_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T0_S1_R1_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T0_S1_R1_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T1_S0_R0_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T1_S0_R0_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T1_S0_R1_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T1_S0_R1_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T1_S1_R0_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T1_S1_R0_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── jacc_T1_S1_R1_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ └── jacc_T1_S1_R1_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── ot_geom\
|
|
|
+│ │ ├── ot_T0_S0_R0_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_T0_S0_R0_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_T0_S0_R1_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_T0_S0_R1_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_T0_S1_R0_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_T0_S1_R0_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_T0_S1_R1_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_T0_S1_R1_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_T1_S0_R0_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_T1_S0_R0_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_T1_S0_R1_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_T1_S0_R1_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_T1_S1_R0_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_T1_S1_R0_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_T1_S1_R1_Flr0_Fud0.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_T1_S1_R1_Flr0_Fud0.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_pgw.csv
|
|
|
+│ │ └── ot_pgw.npy
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── ot_variants\
|
|
|
+│ │ ├── ot_sq0_tcrosscor.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_sq0_tcrosscor.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_sq0_topt.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_sq0_topt.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_sq1_tcrosscor.csv
|
|
|
+│ │ ├── ot_sq1_tcrosscor.npy
|
|
|
+│ │ ├── ot_sq1_topt.csv
|
|
|
+│ │ └── ot_sq1_topt.npy
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ ├── phonology\
|
|
|
+│ │ ├── dominant_phonemes.csv
|
|
|
+│ │ ├── dominant_phonemes.npy
|
|
|
+│ │ ├── dominant_phonemes_features.csv
|
|
|
+│ │ ├── letter_names.csv
|
|
|
+│ │ ├── letter_names.npy
|
|
|
+│ │ └── letter_names_features.csv
|
|
|
+│ │
|
|
|
+│ └── preregistered\
|
|
|
+│ ├── jacc.csv
|
|
|
+│ ├── jacc.npy
|
|
|
+│ ├── ot.csv
|
|
|
+│ └── ot.npy
|
|
|
+│
|
|
|
+│
|
|
|
+├── 00_get_orth_model_rdms.py # get model RDMs related to orthography
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|
|
+├── 01_get_corpus_model_rdms.py # get other model RDMs (including supp mat analysis)
|
|
|
+├── 02_preprocessing.py # preprocess and epoch the EEG data
|
|
|
+├── 03_get_neural_rdms.py # get neural RDMs from epoched EEG data
|
|
|
+├── 04_rsa.R # run the main analysis and
|
|
|
+├── 05_ot_geom.R # run the analysis on geometric invariance for Wasserstein distance
|
|
|
+├── 06_jacc_geom.R # run the analysis on geometric invariance for Jaccard distance
|
|
|
+├── 07_rsa_anns.R # run the analysis on alignment with the artificial neural networks
|
|
|
+├── 08_controls_rsa.R # run the analysis with the control RDMs, analysing data from the posterior region of interest
|
|
|
+├── 09_controls_rsa_all_chs.R # run the analysis with the control RDMs, analysing data from all channels
|
|
|
+├── 10_sensitivity_analysis.R # run the sensitivity analysis
|
|
|
+# Miscellanious files from here
|
|
|
+├── AC-64.bvef # channel locations file
|
|
|
+├── Arial-Lgt.ttf
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|
|
+├── Dockerfile # specifies the docker container
|
|
|
+├── Helvetica.ttf
|
|
|
+├── README.md
|
|
|
+├── SUBTLEX-DE_cleaned_with_Google00_frequencies.csv # SUBTLEX-DE word frequencies used in the letter frequency RDM
|
|
|
+├── arial.ttf
|
|
|
+├── project_tree.md # you are here
|
|
|
+├── run.sh # maps scripts to expected environments (designed to run in docker container)
|
|
|
+└── transcribed_phonological_letter_name_vectors.csv # the custom-transcribed letter name vectors for the phonological letter-name RDM
|
|
|
+```
|
