We use cookies to ensure you get the best experience on our website
Domů Procházet Nápověda News
Registrovat se Přihlásit se
Aswendt_Lab
/
2024_Ruthe_SND
8
0
Rozštěpit 0
Soubory Úkoly 0 Pull Requesty 0 Wiki
Strom: 14120a0458
Větve Značky
2024_Ruthe_SND
/
code
arefks 3321dce0e3 volcano plots před 2 týdny
..
.ipynb_checkpoints e8e54e0207 current state: code is finished for representation před 10 měsíci
AIDAmri @ 8e7f9d3597 13cb663094 added all of the code necessery před 9 měsíci
del 71676560e5 sorted and added parallel quantitative value py file před 1 měsícem
mouse_connectivity e8e54e0207 current state: code is finished for representation před 10 měsíci
testData 27a8ac80ee try and error with R studi před 1 měsícem
Big_data_mouse_practical_2020_answer.ipynb e8e54e0207 current state: code is finished for representation před 10 měsíci
GetQuantitativeValues.py d1c8a8c45b code to filter high initital impairments před 2 týdny
GetQuantitativeValues_not_parallel.py 71676560e5 sorted and added parallel quantitative value py file před 1 měsícem
LME.R c039ef3b8d LME před 1 měsícem
README.md 13cb663094 added all of the code necessery před 9 měsíci
correlation_between_bahavior_and_DTI.py 10a414834a visu jobs před 2 týdny
correlation_between_bahavior_and_DTI_anovaSpecific.py 132437cf05 final results před 7 měsíci
correlation_fa28_behavior28subtractedbyBaseline.py e1c2b12287 visu jobs před 2 týdny
correlation_fa28subtractedbyBaseline_behavior28subtractedbyBaseline.py 10a414834a visu jobs před 2 týdny
extract_atlas_fa_regions.py c4c3bd5b9b stuff for poster, atlas fa valus před 2 měsíci
general_corolation_all_timepoint_together.py c5834f0b56 Adjusted figure sizes před 2 týdny
getIncidenceMap.py 1a6c3f835e deleted old things, calculated prediction plots from fa and behaviro, corrected bug in code for replicates when merging před 4 týdny
heat_maps_correlation.py c9ecfd427e heatmap adjustment před 1 měsícem
incooparate_behavior_data.py d1c8a8c45b code to filter high initital impairments před 2 týdny
mask2MTPL.py dfaee6412d applied mask2mtpl to whitematter mask před 7 měsíci
merge_csv_sheets.py d1c8a8c45b code to filter high initital impairments před 2 týdny
overlayPlot.py 86fce3a119 current state: code is finished for representation před 10 měsíci
plotting_quantitative_dti_values.py 3321dce0e3 volcano plots před 2 týdny
predictive_correlation_chronic_vs_fa_acute.py a76ef52966 figure predictive fa with behaviorr před 1 měsícem
predictive_correlation_fa3_behavior28.py 1a6c3f835e deleted old things, calculated prediction plots from fa and behaviro, corrected bug in code for replicates when merging před 4 týdny
predictive_correlation_fa3_behavior28subtractedbyBaseline.py 1a6c3f835e deleted old things, calculated prediction plots from fa and behaviro, corrected bug in code for replicates when merging před 4 týdny
proof_of_modalities.py 9bcdec0ea4 added overlap percentage csv před 7 měsíci
register_masks.py 748f48e806 changed the flip in the anat step of the registration, changed it back to before před 7 měsíci
remapping_voiting_qc.py 4cf036e11b removed bad qc data from merged with behavior csv před 1 měsícem
single_mask_form_allan_atlas_creator.py 1cd13fc10c added amba regoins to the mix před 1 měsícem
statistical_analysis_of_quantitative_data.py d3c8f1d817 added amba regoins to the mix před 1 měsícem
statsmodel_training.py 63701b1cca code ready for: mixed model analysis and the post hoc tests nad figures with their relevant outputs. also code and results ready for heatmaps of the behavioral and dwi values correlations před 7 měsíci
temp_code.py 062c26905a added new calculation prediction and biomarker approach table style před 1 měsícem
threshold_whitematter.py c5875af414 added white matter mask před 7 měsíci
transpose_csv.py 63701b1cca code ready for: mixed model analysis and the post hoc tests nad figures with their relevant outputs. also code and results ready for heatmaps of the behavioral and dwi values correlations před 7 měsíci
ttest_group_differences.py 3321dce0e3 volcano plots před 2 týdny
viralTracing2MTPL.py 2e82796756 added viraltracin 2 mtpl space filp function před 9 měsíci
visualization_all_timepoints_correlation.py 062c26905a added new calculation prediction and biomarker approach table style před 1 měsícem
visualization_fa_sham_vs_stroke.py c5834f0b56 Adjusted figure sizes před 2 týdny
visualization_general_correlation_correlation.py c5834f0b56 Adjusted figure sizes před 2 týdny
visualization_predictive_correlation.py a486c1adc0 adjusted fa correlation figure před 1 měsícem
visualization_specific_timepoint_correlation.py 10a414834a visu jobs před 2 týdny
vizualization_asymetry_index_fa.py 10a414834a visu jobs před 2 týdny
vizualization_fa28_behavior28subtractedbyBaseline.py 10a414834a visu jobs před 2 týdny
vizualization_fa28subtractedbyBaseline_behavior28subtractedbyBaseline.py 10a414834a visu jobs před 2 týdny
volcano_plot.py 3321dce0e3 volcano plots před 2 týdny

README.md

AIDAmri code

This is the code used to process raw Bruker data and to apply transformations from the drawn masks to each individual subject. Note that this is a subdataset linked to the GitHub page of AIDAmri.

The link to the exact branch of the code which was used for this process is: AIDAmri - SND_Mask_trafu branch.

Example usage of code

root@9c22c56092e5:/aida/DATA/code# python mask2MTPL.py -i /aida/DATA/output/Tract_Density -o /aida/DATA/output/Nifti_Tract_density_registered